More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9083 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  45.07 
 
 		 849 aa  705    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  48.24 
 
 		 856 aa  767    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  48.64 
 
 		 855 aa  775    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  100 
 
 		 856 aa  1749    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  44.51 
 
 		 842 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  39.49 
 
 		 844 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  37.76 
 
 		 847 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  37.88 
 
 		 847 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.76 
 
 		 847 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  37.38 
 
 		 852 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.67 
 
 		 846 aa  505  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  33.29 
 
 		 844 aa  459  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  32.72 
 
 		 822 aa  453  1.0000000000000001e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 		 771 aa  350  9e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  36.73 
 
 		 783 aa  315  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 		 746 aa  290  9e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  35.93 
 
 		 772 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 746 aa  283  8.000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 775 aa  280  9e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 		 762 aa  268  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 749 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.49 
 
 		 1013 aa  264  4.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 751 aa  264  6.999999999999999e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 		 751 aa  263  6.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  36.67 
 
 		 738 aa  262  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  33.27 
 
 		 755 aa  261  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.39 
 
 		 748 aa  261  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 		 748 aa  261  6e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 756 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 		 769 aa  257  6e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 		 751 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 		 760 aa  255  3e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 		 760 aa  255  3e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 775 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 		 791 aa  253  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.76 
 
 		 760 aa  252  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.51 
 
 		 762 aa  253  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  30.61 
 
 		 776 aa  251  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 		 779 aa  247  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  33.86 
 
 		 762 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 752 aa  246  9.999999999999999e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 		 755 aa  246  9.999999999999999e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  31.39 
 
 		 745 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 		 765 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 		 758 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.62 
 
 		 1002 aa  241  4e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 		 758 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  31.57 
 
 		 798 aa  239  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 		 709 aa  238  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 		 745 aa  237  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  33.53 
 
 		 770 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.27 
 
 		 775 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 		 757 aa  235  3e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 		 769 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  30.46 
 
 		 509 aa  234  7.000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  30 
 
 		 745 aa  233  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 		 755 aa  229  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.05 
 
 		 728 aa  228  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  30.27 
 
 		 908 aa  225  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 		 721 aa  225  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.42 
 
 		 743 aa  225  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  31.54 
 
 		 728 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  35.06 
 
 		 567 aa  224  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  29.5 
 
 		 722 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 		 783 aa  222  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  27.27 
 
 		 506 aa  222  3e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  34.37 
 
 		 760 aa  220  1e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.66 
 
 		 770 aa  219  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 		 799 aa  218  5e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.75 
 
 		 1002 aa  218  5e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.75 
 
 		 1002 aa  217  8e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  30.34 
 
 		 993 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  31.69 
 
 		 625 aa  216  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  31.98 
 
 		 723 aa  216  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  31.19 
 
 		 772 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  31.24 
 
 		 732 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  31.97 
 
 		 732 aa  213  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  32.51 
 
 		 759 aa  210  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  29.45 
 
 		 1003 aa  209  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  31.18 
 
 		 812 aa  209  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  28.06 
 
 		 508 aa  209  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  29.95 
 
 		 731 aa  207  8e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 		 871 aa  206  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 		 864 aa  204  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.94 
 
 		 774 aa  204  7e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  32.26 
 
 		 980 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  32.06 
 
 		 931 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 		 874 aa  199  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  27.3 
 
 		 895 aa  196  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 		 875 aa  195  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  31.72 
 
 		 936 aa  191  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  36.28 
 
 		 602 aa  185  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 		 759 aa  185  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3626  signal transduction histidine kinase  36.39 
 
 		 792 aa  180  9e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0746201  normal  0.0102319 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  29.35 
 
 		 689 aa  176  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 		 763 aa  172  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.84 
 
 		 865 aa  171  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  26.7 
 
 		 884 aa  170  8e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  31.15 
 
 		 1280 aa  166  2.0000000000000002e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 639 aa  164  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>