More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2330 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  44.51 
 
 		 856 aa  679    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  55.73 
 
 		 849 aa  920    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  49.71 
 
 		 856 aa  789    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  49.06 
 
 		 855 aa  775    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  100 
 
 		 842 aa  1707    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  40.57 
 
 		 847 aa  621  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  41.29 
 
 		 846 aa  621  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  40.5 
 
 		 844 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  38.74 
 
 		 852 aa  612  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  40.94 
 
 		 847 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  40.97 
 
 		 847 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  37.19 
 
 		 844 aa  551  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  36.04 
 
 		 822 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.8 
 
 		 771 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  40.18 
 
 		 783 aa  375  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.48 
 
 		 775 aa  359  9e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 		 751 aa  358  1.9999999999999998e-97  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  37.02 
 
 		 772 aa  351  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 		 749 aa  344  2.9999999999999997e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 746 aa  341  4e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 		 1013 aa  333  7.000000000000001e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 		 775 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.86 
 
 		 746 aa  318  3e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 		 752 aa  317  5e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  36.08 
 
 		 776 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 		 709 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 		 779 aa  313  9e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.66 
 
 		 1002 aa  310  5.9999999999999995e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 		 758 aa  308  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 		 775 aa  306  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  40.48 
 
 		 567 aa  304  5.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  38.07 
 
 		 798 aa  303  7.000000000000001e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 		 762 aa  303  9e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  37.7 
 
 		 759 aa  303  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 751 aa  303  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.14 
 
 		 760 aa  301  5e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  33.39 
 
 		 762 aa  300  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  33.5 
 
 		 745 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 		 762 aa  298  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 		 765 aa  297  6e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  34.95 
 
 		 772 aa  297  7e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 769 aa  296  9e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  38.88 
 
 		 755 aa  295  2e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  39.14 
 
 		 760 aa  295  3e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 755 aa  295  3e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 		 748 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 		 760 aa  293  1e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 		 760 aa  293  1e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.83 
 
 		 745 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 		 1002 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  37.98 
 
 		 770 aa  292  2e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 		 1002 aa  291  4e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  32.15 
 
 		 722 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 758 aa  286  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 745 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.99 
 
 		 774 aa  285  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 		 757 aa  285  3.0000000000000004e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  33.39 
 
 		 1003 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 		 751 aa  284  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 743 aa  283  7.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 		 748 aa  283  9e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  32.67 
 
 		 755 aa  283  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  33.39 
 
 		 993 aa  282  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  33.98 
 
 		 731 aa  282  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  33.7 
 
 		 723 aa  281  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  34.68 
 
 		 732 aa  280  7e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 		 721 aa  278  3e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  39.41 
 
 		 738 aa  278  3e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.72 
 
 		 756 aa  273  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.76 
 
 		 791 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  34.55 
 
 		 732 aa  271  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 		 799 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 769 aa  269  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  35.15 
 
 		 728 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.76 
 
 		 871 aa  267  5e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 		 770 aa  263  8e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  34.33 
 
 		 728 aa  262  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  34.75 
 
 		 625 aa  261  3e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 		 874 aa  252  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 		 875 aa  251  4e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  31.87 
 
 		 508 aa  251  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  29.73 
 
 		 895 aa  251  6e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  28.63 
 
 		 506 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  34.56 
 
 		 980 aa  244  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  32.87 
 
 		 812 aa  243  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  28.06 
 
 		 884 aa  243  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  34.56 
 
 		 931 aa  242  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 		 783 aa  242  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 		 759 aa  241  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  33.67 
 
 		 936 aa  234  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 		 864 aa  234  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  28.32 
 
 		 509 aa  225  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  29.42 
 
 		 908 aa  223  8e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 		 865 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 		 763 aa  218  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 		 762 aa  205  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 639 aa  195  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  34.09 
 
 		 689 aa  189  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 		 602 aa  180  8e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  29.98 
 
 		 1280 aa  172  3e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>