More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3424 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  72.18 
 
 		 758 aa  1100    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.41 
 
 		 775 aa  752    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.26 
 
 		 779 aa  744    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  71.72 
 
 		 762 aa  1094    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  53.13 
 
 		 776 aa  772    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 758 aa  1543    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  52.87 
 
 		 775 aa  751    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.11 
 
 		 751 aa  543  1e-153  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.07 
 
 		 749 aa  528  1e-148  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 		 769 aa  515  1.0000000000000001e-145  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 		 760 aa  504  1e-141  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 		 769 aa  501  1e-140  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 765 aa  486  1e-136  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.2 
 
 		 760 aa  489  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 		 756 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.2 
 
 		 760 aa  489  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  38.95 
 
 		 755 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 		 748 aa  485  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 		 748 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 		 762 aa  474  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.42 
 
 		 751 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.09 
 
 		 751 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.88 
 
 		 791 aa  443  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 		 774 aa  429  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 		 799 aa  428  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 		 746 aa  428  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 762 aa  423  1e-117  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 		 746 aa  422  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 		 755 aa  419  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 		 752 aa  415  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 757 aa  410  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.42 
 
 		 1002 aa  404  1e-111  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.66 
 
 		 1013 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 		 743 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  32.9 
 
 		 745 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.29 
 
 		 745 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 		 763 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  34.77 
 
 		 759 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.38 
 
 		 745 aa  379  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.55 
 
 		 1002 aa  362  1e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.68 
 
 		 1002 aa  362  1e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 		 762 aa  362  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  32.42 
 
 		 1003 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  33.03 
 
 		 993 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 		 759 aa  347  4e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 		 783 aa  346  8e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 775 aa  343  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 		 771 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  39.66 
 
 		 772 aa  335  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  38.97 
 
 		 783 aa  320  5e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  37.98 
 
 		 849 aa  320  6e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  30.42 
 
 		 728 aa  319  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  30.86 
 
 		 728 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  35.6 
 
 		 847 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.05 
 
 		 847 aa  308  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  35.3 
 
 		 847 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  34.45 
 
 		 732 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  35.98 
 
 		 722 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  38.25 
 
 		 798 aa  304  4.0000000000000003e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  28.1 
 
 		 884 aa  303  9e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  39.43 
 
 		 738 aa  301  2e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.76 
 
 		 844 aa  296  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  35.99 
 
 		 852 aa  295  3e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 		 709 aa  294  4e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  34.9 
 
 		 732 aa  292  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 874 aa  292  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  34 
 
 		 731 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 740 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  35.86 
 
 		 770 aa  290  6e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  35.51 
 
 		 812 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  28.09 
 
 		 908 aa  286  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  31.82 
 
 		 842 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  36.93 
 
 		 760 aa  284  4.0000000000000003e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  35.22 
 
 		 856 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  33.33 
 
 		 509 aa  284  5.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 		 875 aa  283  8.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  30.85 
 
 		 895 aa  282  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  37.2 
 
 		 625 aa  283  1e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 		 871 aa  282  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  34.83 
 
 		 723 aa  279  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  35.36 
 
 		 855 aa  279  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.8 
 
 		 846 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 		 721 aa  271  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  32.15 
 
 		 508 aa  270  8e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  30.8 
 
 		 844 aa  267  5.999999999999999e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.09 
 
 		 772 aa  265  3e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  34.08 
 
 		 755 aa  264  4e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 864 aa  264  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 		 865 aa  263  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  30.06 
 
 		 506 aa  259  2e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.72 
 
 		 980 aa  251  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.33 
 
 		 931 aa  250  7e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 		 770 aa  246  9e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  33.72 
 
 		 567 aa  244  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  33.66 
 
 		 856 aa  241  2.9999999999999997e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  33.72 
 
 		 936 aa  241  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  30.87 
 
 		 689 aa  214  2.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.11 
 
 		 1807 aa  204  4e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.58 
 
 		 1669 aa  201  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2837  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.97 
 
 		 716 aa  197  5.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>