More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3364 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3364  response regulator  100 
 
 		 847 aa  1730    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  40.89 
 
 		 844 aa  647    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  90.44 
 
 		 847 aa  1581    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  98.7 
 
 		 847 aa  1714    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  73.79 
 
 		 844 aa  1295    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  51.6 
 
 		 846 aa  855    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  54.91 
 
 		 852 aa  949    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  40.81 
 
 		 849 aa  621  1e-176  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  41.64 
 
 		 856 aa  617  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  42.61 
 
 		 855 aa  610  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  40.94 
 
 		 842 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  37.76 
 
 		 856 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  33.94 
 
 		 822 aa  439  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.08 
 
 		 771 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  37.38 
 
 		 772 aa  335  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 		 775 aa  334  3e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  35.27 
 
 		 783 aa  318  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 751 aa  310  5.9999999999999995e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.6 
 
 		 758 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  35.33 
 
 		 728 aa  294  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 		 751 aa  291  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  35.79 
 
 		 728 aa  290  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 		 791 aa  289  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 		 775 aa  288  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 		 1013 aa  285  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 		 758 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  31.74 
 
 		 776 aa  283  9e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 762 aa  280  6e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  34.25 
 
 		 762 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.58 
 
 		 745 aa  278  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  36.25 
 
 		 770 aa  278  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.01 
 
 		 755 aa  278  4e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  37.13 
 
 		 760 aa  277  7e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 		 709 aa  275  3e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 760 aa  273  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.7 
 
 		 1002 aa  273  1e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.65 
 
 		 765 aa  272  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 751 aa  272  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  29.83 
 
 		 752 aa  270  1e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  38.22 
 
 		 738 aa  269  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 		 779 aa  269  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 		 799 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 		 749 aa  268  4e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  33.39 
 
 		 745 aa  267  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 		 775 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.89 
 
 		 762 aa  265  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.37 
 
 		 772 aa  265  3e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 		 774 aa  263  6.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 		 746 aa  263  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.37 
 
 		 745 aa  262  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.39 
 
 		 769 aa  262  2e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  31.05 
 
 		 509 aa  261  5.0000000000000005e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  32.73 
 
 		 722 aa  260  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 769 aa  259  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 		 746 aa  258  3e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  33.46 
 
 		 812 aa  253  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  35.09 
 
 		 798 aa  253  1e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 755 aa  253  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  34.81 
 
 		 723 aa  253  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.96 
 
 		 721 aa  250  7e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 		 748 aa  250  9e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.4 
 
 		 743 aa  249  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 		 760 aa  249  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 		 756 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 		 760 aa  249  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 		 757 aa  249  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  31.31 
 
 		 731 aa  248  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 		 871 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  33.85 
 
 		 755 aa  247  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  35.5 
 
 		 567 aa  247  6.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  31.83 
 
 		 732 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 		 748 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 		 864 aa  244  7e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  30.75 
 
 		 732 aa  243  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  32.73 
 
 		 980 aa  243  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  32.73 
 
 		 931 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  32.51 
 
 		 625 aa  241  5e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  32.07 
 
 		 993 aa  239  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 875 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  33.14 
 
 		 759 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  29.11 
 
 		 895 aa  235  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  31.93 
 
 		 1003 aa  235  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 770 aa  233  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 		 783 aa  233  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.89 
 
 		 1002 aa  233  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.89 
 
 		 1002 aa  232  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 		 874 aa  231  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  28.86 
 
 		 506 aa  225  2e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  29.54 
 
 		 508 aa  223  9e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 759 aa  220  7e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 		 865 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  33.97 
 
 		 936 aa  214  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  26.67 
 
 		 884 aa  193  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  30.12 
 
 		 689 aa  193  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 		 763 aa  192  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  27.83 
 
 		 908 aa  192  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 		 740 aa  188  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 		 762 aa  187  9e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 		 602 aa  180  8e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  30.81 
 
 		 1280 aa  172  2e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>