143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3740 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  86.71 
 
 		 732 aa  1285    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  74.65 
 
 		 722 aa  1125    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  100 
 
 		 732 aa  1493    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  58 
 
 		 723 aa  853    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  75.55 
 
 		 731 aa  1143    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 751 aa  343  8e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.67 
 
 		 749 aa  327  5e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.44 
 
 		 758 aa  326  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  34.74 
 
 		 762 aa  323  8e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 		 769 aa  318  2e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.53 
 
 		 765 aa  317  7e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 		 769 aa  311  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 		 748 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 		 760 aa  309  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 		 779 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 		 771 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 		 760 aa  307  4.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 		 760 aa  307  4.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  34.67 
 
 		 772 aa  306  7e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 		 758 aa  306  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 775 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  35.9 
 
 		 745 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.61 
 
 		 775 aa  301  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  33.4 
 
 		 776 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 		 748 aa  299  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  36.43 
 
 		 755 aa  297  5e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  36.06 
 
 		 745 aa  296  9e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 		 745 aa  295  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 		 1013 aa  294  4e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 		 752 aa  294  5e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 756 aa  293  6e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 		 1002 aa  293  9e-78  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.27 
 
 		 775 aa  292  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 774 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  36.69 
 
 		 760 aa  289  1e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  35.66 
 
 		 798 aa  288  2e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 		 762 aa  287  4e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.94 
 
 		 849 aa  286  8e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 		 791 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  37.02 
 
 		 770 aa  281  2e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  34.68 
 
 		 842 aa  280  7e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 		 746 aa  278  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.04 
 
 		 755 aa  278  3e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  33.52 
 
 		 783 aa  277  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  34.18 
 
 		 856 aa  276  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 		 709 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 		 751 aa  274  3e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 		 751 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  35.54 
 
 		 980 aa  273  6e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  35.74 
 
 		 931 aa  273  7e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.26 
 
 		 772 aa  273  1e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  36.82 
 
 		 759 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  37.37 
 
 		 738 aa  270  5e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  35.43 
 
 		 625 aa  270  8.999999999999999e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 746 aa  269  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  32.57 
 
 		 852 aa  269  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 762 aa  263  8.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 		 721 aa  262  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  33.47 
 
 		 855 aa  261  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.27 
 
 		 844 aa  260  6e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.33 
 
 		 1002 aa  257  5e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.13 
 
 		 1002 aa  256  8e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  33.91 
 
 		 993 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  31.58 
 
 		 508 aa  253  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.25 
 
 		 847 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.87 
 
 		 846 aa  253  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  34.03 
 
 		 936 aa  252  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  29.39 
 
 		 509 aa  251  5e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 		 871 aa  249  9e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.7 
 
 		 759 aa  249  9e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  33.33 
 
 		 1003 aa  249  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 		 757 aa  247  4.9999999999999997e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  30.04 
 
 		 847 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  31.02 
 
 		 812 aa  244  5e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  30.75 
 
 		 847 aa  243  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 755 aa  243  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  32.16 
 
 		 844 aa  242  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  33.01 
 
 		 728 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 		 875 aa  240  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 		 864 aa  239  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 		 874 aa  238  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  31.36 
 
 		 895 aa  238  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  33.6 
 
 		 567 aa  236  9e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  32.58 
 
 		 728 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 		 799 aa  235  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  29.34 
 
 		 506 aa  231  5e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 743 aa  226  8e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.25 
 
 		 770 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 		 865 aa  221  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  31.24 
 
 		 856 aa  214  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 		 763 aa  213  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  29.12 
 
 		 908 aa  208  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 		 762 aa  203  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  31.46 
 
 		 689 aa  200  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 		 783 aa  197  8.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  27.8 
 
 		 822 aa  193  8e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 		 740 aa  187  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  31.25 
 
 		 1871 aa  175  2.9999999999999996e-42  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  29.37 
 
 		 1280 aa  169  2e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  25.74 
 
 		 884 aa  161  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>