More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4451 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  52.41 
 
 		 758 aa  752    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.34 
 
 		 758 aa  759    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 775 aa  1570    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  70.29 
 
 		 779 aa  1107    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  51.39 
 
 		 762 aa  749    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  83.66 
 
 		 776 aa  1319    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  70.73 
 
 		 775 aa  1113    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 		 749 aa  593  1e-168  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.81 
 
 		 751 aa  591  1e-167  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.77 
 
 		 765 aa  549  1e-155  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 		 760 aa  541  9.999999999999999e-153  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.62 
 
 		 760 aa  528  1e-148  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.62 
 
 		 760 aa  528  1e-148  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.34 
 
 		 769 aa  528  1e-148  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.06 
 
 		 751 aa  521  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 		 769 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 		 762 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.79 
 
 		 751 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.47 
 
 		 748 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  37.11 
 
 		 755 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 746 aa  474  1e-132  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 		 791 aa  474  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 		 756 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 748 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 		 762 aa  463  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 		 799 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 		 746 aa  456  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  36.04 
 
 		 745 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.9 
 
 		 745 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.72 
 
 		 774 aa  429  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 		 763 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.72 
 
 		 1013 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 		 1002 aa  422  1e-117  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  34.29 
 
 		 745 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  35.75 
 
 		 759 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 		 757 aa  410  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.29 
 
 		 743 aa  412  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 		 762 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 		 752 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 		 755 aa  394  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  33.94 
 
 		 1003 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  34.03 
 
 		 993 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 		 1002 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 		 1002 aa  385  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  40.65 
 
 		 772 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 		 759 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.12 
 
 		 775 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 		 771 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  36.77 
 
 		 783 aa  345  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.24 
 
 		 849 aa  345  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.61 
 
 		 783 aa  338  2.9999999999999997e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.93 
 
 		 728 aa  333  9e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  36.66 
 
 		 738 aa  329  9e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  31.63 
 
 		 728 aa  324  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  38.07 
 
 		 770 aa  322  9.999999999999999e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  34.75 
 
 		 842 aa  322  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 		 709 aa  318  3e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  38.86 
 
 		 798 aa  308  3e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 		 874 aa  308  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  32.04 
 
 		 509 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  37.27 
 
 		 856 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  36.67 
 
 		 760 aa  304  4.0000000000000003e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  36.98 
 
 		 723 aa  302  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  34.93 
 
 		 722 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.71 
 
 		 755 aa  302  2e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  34.61 
 
 		 732 aa  300  6e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  34.5 
 
 		 772 aa  299  1e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  34.87 
 
 		 732 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  34.53 
 
 		 731 aa  299  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.76 
 
 		 875 aa  298  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  35.78 
 
 		 855 aa  298  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  30.63 
 
 		 895 aa  298  4e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  32.53 
 
 		 508 aa  297  7e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  32.15 
 
 		 852 aa  292  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 740 aa  291  3e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.77 
 
 		 847 aa  290  9e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  31.18 
 
 		 847 aa  288  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  33.6 
 
 		 847 aa  287  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  26.74 
 
 		 884 aa  286  8e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.62 
 
 		 846 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 		 721 aa  284  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  30.1 
 
 		 506 aa  283  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  36.3 
 
 		 567 aa  278  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 		 871 aa  277  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  34.2 
 
 		 812 aa  277  6e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.11 
 
 		 844 aa  277  6e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  32.84 
 
 		 844 aa  273  6e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 		 864 aa  270  8.999999999999999e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  27.46 
 
 		 908 aa  268  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.79 
 
 		 980 aa  267  5e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.79 
 
 		 931 aa  266  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  33.02 
 
 		 625 aa  265  3e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 		 770 aa  258  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  31.02 
 
 		 856 aa  254  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  34.87 
 
 		 936 aa  249  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 865 aa  249  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  32.52 
 
 		 689 aa  221  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.36 
 
 		 628 aa  219  2e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1881  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.94 
 
 		 435 aa  218  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.652277 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.08 
 
 		 1060 aa  215  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>