More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1986 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  100 
 
 
798 aa  1556    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  42.08 
 
 
755 aa  510  1e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  42.62 
 
 
770 aa  488  1e-136  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  43.88 
 
 
738 aa  479  1e-133  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  41.17 
 
 
772 aa  478  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  42.9 
 
 
760 aa  460  9.999999999999999e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 
751 aa  363  5.0000000000000005e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
749 aa  334  4e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.79 
 
 
762 aa  333  8e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
769 aa  326  9e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
779 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  37.73 
 
 
776 aa  317  8e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
760 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
760 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.86 
 
 
758 aa  311  4e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  40.23 
 
 
849 aa  310  5e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.86 
 
 
775 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  36.52 
 
 
723 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
757 aa  306  9.000000000000001e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
765 aa  306  1.0000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  37.74 
 
 
762 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  39.74 
 
 
625 aa  305  2.0000000000000002e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.23 
 
 
743 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  38.07 
 
 
842 aa  304  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.25 
 
 
758 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.28 
 
 
746 aa  303  7.000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 
1002 aa  301  4e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 
755 aa  298  3e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.87 
 
 
1013 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.88 
 
 
759 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.22 
 
 
771 aa  295  2e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  36.36 
 
 
772 aa  293  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  36.96 
 
 
722 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 
751 aa  291  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
1002 aa  290  8e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  38.51 
 
 
855 aa  290  9e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 
1002 aa  290  9e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
775 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  37.9 
 
 
759 aa  290  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.38 
 
 
775 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  37.29 
 
 
856 aa  289  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  35.66 
 
 
732 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 
752 aa  288  4e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 
760 aa  285  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 
799 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  37.18 
 
 
731 aa  282  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 
762 aa  281  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
769 aa  280  7e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  36.45 
 
 
783 aa  280  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.02 
 
 
746 aa  278  4e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
709 aa  276  8e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  32.87 
 
 
508 aa  276  8e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  36.29 
 
 
755 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  35.93 
 
 
732 aa  275  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
748 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.73 
 
 
745 aa  274  5.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
756 aa  271  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
751 aa  270  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 
748 aa  270  8e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  34.86 
 
 
745 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  36.22 
 
 
852 aa  268  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  37.14 
 
 
846 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 
791 aa  264  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  34.92 
 
 
745 aa  263  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  35.21 
 
 
844 aa  260  7e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  31.8 
 
 
509 aa  258  4e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  35.66 
 
 
812 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  37.64 
 
 
567 aa  254  4.0000000000000004e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  35.09 
 
 
847 aa  253  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
774 aa  253  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  35.28 
 
 
847 aa  253  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.11 
 
 
847 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
721 aa  245  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  36.29 
 
 
993 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  34.17 
 
 
931 aa  241  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.97 
 
 
980 aa  241  5e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  31.57 
 
 
856 aa  240  9e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
783 aa  239  1e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.34 
 
 
844 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  35.94 
 
 
1003 aa  238  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  35.66 
 
 
895 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  34.8 
 
 
936 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
875 aa  235  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
874 aa  231  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  44.17 
 
 
728 aa  231  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  43.87 
 
 
728 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  28.82 
 
 
884 aa  227  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
871 aa  227  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.86 
 
 
864 aa  223  8e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  35.37 
 
 
689 aa  213  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  35.59 
 
 
822 aa  209  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
865 aa  207  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  29.32 
 
 
506 aa  201  3e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
763 aa  187  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 
740 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 
770 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  28.65 
 
 
908 aa  180  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
762 aa  176  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  32.48 
 
 
1280 aa  164  5.0000000000000005e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  31.06 
 
 
1871 aa  155  4e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>