123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7207 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
508 aa  1057    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  46.55 
 
 
509 aa  507  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  40.04 
 
 
506 aa  412  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 
751 aa  323  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
769 aa  318  1e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
765 aa  307  3e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.55 
 
 
769 aa  307  3e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
749 aa  307  3e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 
760 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.27 
 
 
775 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
762 aa  301  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  33.47 
 
 
776 aa  297  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
751 aa  297  3e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
775 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
775 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  32.27 
 
 
772 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
760 aa  292  9e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
760 aa  292  9e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 
746 aa  291  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
751 aa  291  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
771 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
746 aa  279  7e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  33.07 
 
 
798 aa  277  4e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
779 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
745 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.47 
 
 
1013 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  30.62 
 
 
783 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  31.19 
 
 
745 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.15 
 
 
758 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  29.96 
 
 
762 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.16 
 
 
849 aa  265  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  30.87 
 
 
731 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.56 
 
 
758 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  34.29 
 
 
738 aa  262  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
1002 aa  261  2e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  30.75 
 
 
772 aa  260  4e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  33.4 
 
 
625 aa  258  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  29.88 
 
 
722 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  31.81 
 
 
723 aa  253  6e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  31.58 
 
 
732 aa  253  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  28.8 
 
 
745 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  31.87 
 
 
842 aa  251  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  31.29 
 
 
755 aa  251  3e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  30.78 
 
 
856 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  30.62 
 
 
732 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
748 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  31.4 
 
 
755 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  29.69 
 
 
759 aa  242  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
748 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  30.24 
 
 
855 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.02 
 
 
1002 aa  240  4e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 
743 aa  240  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.82 
 
 
1002 aa  239  9e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.04 
 
 
756 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 
774 aa  238  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 
721 aa  237  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  32.26 
 
 
770 aa  236  6e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
709 aa  233  6e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
871 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
799 aa  233  9e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 
762 aa  229  8e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
760 aa  229  9e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 
791 aa  229  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
864 aa  226  8e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  29.94 
 
 
993 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  29.54 
 
 
847 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  28.69 
 
 
847 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  29.34 
 
 
847 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
874 aa  223  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  29.26 
 
 
844 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  29.01 
 
 
567 aa  219  6e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  29.35 
 
 
1003 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  29.8 
 
 
728 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  29.96 
 
 
895 aa  218  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  29.37 
 
 
846 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
875 aa  218  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 
752 aa  215  9.999999999999999e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  29.72 
 
 
852 aa  214  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  28.8 
 
 
728 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
757 aa  211  3e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.34 
 
 
759 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  28.06 
 
 
856 aa  209  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 
865 aa  208  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  28.83 
 
 
812 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  28.54 
 
 
844 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
770 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  28.96 
 
 
980 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.79 
 
 
763 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  29.08 
 
 
931 aa  195  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.26 
 
 
762 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  27.95 
 
 
689 aa  191  2.9999999999999997e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 
755 aa  189  8e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 
936 aa  189  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  27.47 
 
 
884 aa  182  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.25 
 
 
740 aa  179  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  28.78 
 
 
822 aa  179  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 
783 aa  174  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  28.78 
 
 
1280 aa  164  3e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  28.86 
 
 
908 aa  156  8e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  27.42 
 
 
1871 aa  151  2e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>