More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1836 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 1341 aa  2789    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  26.4 
 
 		 1366 aa  429  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  32.01 
 
 		 1370 aa  335  5e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  29.18 
 
 		 1347 aa  332  4e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  31.28 
 
 		 1373 aa  330  2.0000000000000001e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  31.17 
 
 		 1374 aa  322  3e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  28.39 
 
 		 1418 aa  319  3e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 940 aa  312  2.9999999999999997e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  27.35 
 
 		 1378 aa  309  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  28.77 
 
 		 1378 aa  310  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 904 aa  308  5.0000000000000004e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  30.84 
 
 		 1340 aa  307  1.0000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  29.44 
 
 		 1335 aa  304  9e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  25.99 
 
 		 1384 aa  302  3e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  31.95 
 
 		 1311 aa  302  3e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  30.78 
 
 		 1344 aa  301  7e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  26.79 
 
 		 1400 aa  300  9e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  27.92 
 
 		 1355 aa  298  3e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  31.07 
 
 		 1298 aa  298  6e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  29.08 
 
 		 1306 aa  295  3e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  28.97 
 
 		 1355 aa  294  1e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  31.33 
 
 		 1324 aa  291  4e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  31.7 
 
 		 1313 aa  287  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  24.49 
 
 		 1397 aa  285  4.0000000000000003e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  27.46 
 
 		 1344 aa  284  9e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  24.3 
 
 		 1373 aa  283  2e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  29.48 
 
 		 1374 aa  282  3e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  30.3 
 
 		 1278 aa  280  9e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  29.97 
 
 		 1396 aa  280  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  29.86 
 
 		 1343 aa  275  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 1349 aa  273  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  30.26 
 
 		 1404 aa  272  2.9999999999999997e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  33.39 
 
 		 677 aa  271  7e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 934 aa  270  2e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.42 
 
 		 668 aa  267  1e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  27.61 
 
 		 1363 aa  266  2e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  27.77 
 
 		 1366 aa  265  6e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  27.86 
 
 		 1347 aa  265  6e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  32.81 
 
 		 663 aa  265  6e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  28.79 
 
 		 1388 aa  257  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  35.21 
 
 		 1202 aa  255  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  29.92 
 
 		 961 aa  254  7e-66  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  29.44 
 
 		 1334 aa  254  1e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 1010 aa  251  6e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  26.09 
 
 		 1376 aa  251  7e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  28.57 
 
 		 1316 aa  250  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  23.33 
 
 		 1296 aa  249  3e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  27.13 
 
 		 1342 aa  245  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 		 1131 aa  244  1e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 		 1153 aa  240  1e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.39 
 
 		 1431 aa  239  2e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.55 
 
 		 1645 aa  238  7e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1719  histidine kinase  23.93 
 
 		 1257 aa  237  1.0000000000000001e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0583268  normal  0.402469 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.79 
 
 		 1140 aa  236  2.0000000000000002e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.68 
 
 		 1051 aa  232  4e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.49 
 
 		 1390 aa  231  9e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 		 1013 aa  230  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.25 
 
 		 1390 aa  230  1e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.25 
 
 		 1390 aa  230  1e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 		 1002 aa  228  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 1383 aa  228  7e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2239  adenylate/guanylate cyclase  34.59 
 
 		 1156 aa  227  1e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159061  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2338  GAF sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  36.24 
 
 		 1180 aa  227  1e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0263037  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  29.76 
 
 		 1152 aa  226  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3155  adenylate/guanylate cyclase  34.75 
 
 		 1172 aa  226  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.386213  hitchhiker  0.00095291 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 		 1118 aa  226  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 		 1048 aa  225  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.41 
 
 		 1385 aa  224  6e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  28.91 
 
 		 1327 aa  224  9e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.13 
 
 		 1426 aa  224  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  30.48 
 
 		 993 aa  222  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.87 
 
 		 1559 aa  222  3.9999999999999997e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 		 1406 aa  221  6e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1852  histidine kinase  23.35 
 
 		 1074 aa  221  6e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.496494  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 		 1514 aa  221  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 		 1711 aa  221  7.999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 		 1514 aa  221  8.999999999999998e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 		 1287 aa  219  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  32.26 
 
 		 816 aa  216  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 		 1415 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  32.59 
 
 		 1427 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4814  histidine kinase  33.09 
 
 		 919 aa  216  2.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00150972  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4246  histidine kinase  23.5 
 
 		 1280 aa  213  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.921248  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2904  histidine kinase  33.41 
 
 		 876 aa  213  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0209815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  31.7 
 
 		 1299 aa  213  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 1003 aa  213  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.51 
 
 		 1361 aa  212  5e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  31.41 
 
 		 816 aa  211  9e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 		 1383 aa  210  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32 
 
 		 1301 aa  209  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.41 
 
 		 1646 aa  207  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 		 1631 aa  206  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.11 
 
 		 1651 aa  204  9e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  23.28 
 
 		 1374 aa  204  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.73 
 
 		 975 aa  199  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 		 978 aa  196  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00426  putative two-component system sensor kinase/response regulator fusion protein  27.93 
 
 		 1280 aa  196  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 		 1370 aa  196  4e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  23.76 
 
 		 1414 aa  195  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 979 aa  195  5e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.366427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>