More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3818 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  49.3 
 
 		 1048 aa  706    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.47 
 
 		 1631 aa  822    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  47.31 
 
 		 1010 aa  719    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  48.78 
 
 		 1152 aa  659    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.88 
 
 		 1431 aa  946    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.41 
 
 		 1559 aa  717    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  76.45 
 
 		 1415 aa  2197    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1426 aa  2879    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.31 
 
 		 1711 aa  717    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.03 
 
 		 1514 aa  820    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.92 
 
 		 1003 aa  646    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  56.11 
 
 		 1651 aa  847    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.06 
 
 		 1383 aa  822    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.71 
 
 		 1370 aa  637    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  86.06 
 
 		 1427 aa  2508    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.57 
 
 		 1131 aa  731    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.38 
 
 		 1140 aa  749    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.25 
 
 		 1390 aa  704    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.94 
 
 		 1406 aa  845    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.25 
 
 		 1390 aa  704    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.56 
 
 		 1385 aa  732    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.33 
 
 		 1514 aa  819    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.65 
 
 		 1646 aa  830    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.94 
 
 		 1390 aa  703    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.55 
 
 		 1361 aa  706    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.5 
 
 		 1287 aa  647    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  48.12 
 
 		 1002 aa  694    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.73 
 
 		 1118 aa  669    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  59.94 
 
 		 1299 aa  1092    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  42.08 
 
 		 1202 aa  703    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.7 
 
 		 1248 aa  632  1e-179  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.44 
 
 		 1383 aa  614  9.999999999999999e-175  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.39 
 
 		 1153 aa  614  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 		 1013 aa  572  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.42 
 
 		 821 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  40.05 
 
 		 1051 aa  539  1e-151  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4814  histidine kinase  43.79 
 
 		 919 aa  538  1e-151  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00150972  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 822 aa  516  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.84 
 
 		 795 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.84 
 
 		 1645 aa  459  1e-127  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.53 
 
 		 899 aa  445  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.33 
 
 		 943 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02240  protein-histidine kinase, putative  33.76 
 
 		 1816 aa  440  1e-121  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.73 
 
 		 809 aa  432  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.44 
 
 		 585 aa  428  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.79 
 
 		 1224 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.92 
 
 		 1014 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.71 
 
 		 944 aa  426  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  41 
 
 		 946 aa  421  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  58.76 
 
 		 587 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.57 
 
 		 946 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.72 
 
 		 1011 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.76 
 
 		 587 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.5 
 
 		 1059 aa  415  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.66 
 
 		 785 aa  412  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  56.41 
 
 		 722 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.42 
 
 		 584 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  57 
 
 		 632 aa  405  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.84 
 
 		 942 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.41 
 
 		 783 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  44.57 
 
 		 783 aa  406  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.96 
 
 		 1057 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.33 
 
 		 837 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.59 
 
 		 581 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.55 
 
 		 1076 aa  398  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.67 
 
 		 888 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.31 
 
 		 742 aa  394  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0508  histidine kinase  57.33 
 
 		 632 aa  396  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.72 
 
 		 703 aa  393  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.99 
 
 		 812 aa  392  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  54.64 
 
 		 638 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  38.27 
 
 		 793 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  52.36 
 
 		 684 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4196  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  54.12 
 
 		 693 aa  385  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  54.21 
 
 		 736 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.59 
 
 		 684 aa  386  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02350  protein-histidine kinase, putative  32.91 
 
 		 1614 aa  379  1e-103  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.16806  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.22 
 
 		 826 aa  379  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.08 
 
 		 814 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3794  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  53.57 
 
 		 708 aa  375  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.475023 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  54.12 
 
 		 716 aa  376  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.73 
 
 		 764 aa  376  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  38.09 
 
 		 796 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  53.26 
 
 		 720 aa  372  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  51.44 
 
 		 727 aa  359  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  50.39 
 
 		 727 aa  357  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  50.39 
 
 		 727 aa  356  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  49.61 
 
 		 732 aa  352  4e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.22 
 
 		 1165 aa  352  4e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0855  GAF sensor hybrid histidine kinase  47.53 
 
 		 776 aa  321  5e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2338  GAF sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  37.9 
 
 		 1180 aa  317  8e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0263037  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.73 
 
 		 630 aa  310  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2239  adenylate/guanylate cyclase  37.81 
 
 		 1156 aa  308  4.0000000000000004e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3155  adenylate/guanylate cyclase  38.67 
 
 		 1172 aa  299  2e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.386213  hitchhiker  0.00095291 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 		 508 aa  291  7e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.64 
 
 		 769 aa  291  7e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  38.48 
 
 		 534 aa  288  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  44.53 
 
 		 702 aa  285  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.54 
 
 		 682 aa  281  8e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  38.79 
 
 		 1366 aa  280  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>