More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3651 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
727 aa  1486    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.63 
 
 
888 aa  686    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  98.07 
 
 
727 aa  1463    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  88.86 
 
 
727 aa  1316    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  80.69 
 
 
732 aa  1206    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.24 
 
 
742 aa  542  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.13 
 
 
703 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0855  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.03 
 
 
776 aa  503  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  63.57 
 
 
1011 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  62.94 
 
 
1059 aa  481  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.99 
 
 
890 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  62.47 
 
 
1076 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.86 
 
 
1057 aa  464  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.88 
 
 
584 aa  462  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  62.3 
 
 
943 aa  462  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  64.21 
 
 
946 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  62.17 
 
 
899 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.72 
 
 
944 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.31 
 
 
814 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.23 
 
 
826 aa  449  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.79 
 
 
809 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.59 
 
 
1014 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.21 
 
 
581 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  58.19 
 
 
736 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114269  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.75 
 
 
764 aa  444  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  60 
 
 
783 aa  436  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  54.48 
 
 
638 aa  439  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60 
 
 
783 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  54.73 
 
 
720 aa  436  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.64 
 
 
785 aa  436  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0508  histidine kinase  53.92 
 
 
632 aa  430  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4196  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  56.48 
 
 
693 aa  431  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  53.92 
 
 
632 aa  430  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.68 
 
 
837 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.81 
 
 
946 aa  419  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  52.07 
 
 
722 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.47 
 
 
822 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3794  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  56.29 
 
 
708 aa  412  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.475023 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.89 
 
 
821 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.62 
 
 
1224 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.26 
 
 
684 aa  403  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  55.53 
 
 
684 aa  405  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.52 
 
 
587 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.75 
 
 
942 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.12 
 
 
795 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.52 
 
 
585 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  53.52 
 
 
587 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
688 aa  403  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.12 
 
 
812 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  50.92 
 
 
716 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
703 aa  366  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2251  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 
721 aa  362  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0770498  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  50.79 
 
 
1427 aa  361  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  50 
 
 
796 aa  360  6e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.39 
 
 
1426 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
905 aa  355  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  48.07 
 
 
793 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  50.13 
 
 
1299 aa  350  4e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.95 
 
 
1415 aa  340  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.15 
 
 
720 aa  336  7e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  34.38 
 
 
692 aa  324  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
728 aa  324  4e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.92 
 
 
712 aa  296  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  40 
 
 
571 aa  295  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  41.65 
 
 
611 aa  291  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  41.65 
 
 
611 aa  291  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  41.65 
 
 
611 aa  291  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  41.42 
 
 
611 aa  290  7e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  41.42 
 
 
611 aa  290  7e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.3 
 
 
630 aa  288  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  41.27 
 
 
611 aa  281  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.52 
 
 
575 aa  280  6e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  41.05 
 
 
573 aa  279  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
734 aa  278  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  41.73 
 
 
416 aa  277  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.47 
 
 
732 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  38.54 
 
 
1036 aa  274  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 
588 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  39.91 
 
 
575 aa  273  8.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.19 
 
 
508 aa  272  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 
589 aa  272  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 
589 aa  272  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.65 
 
 
727 aa  270  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.92 
 
 
966 aa  270  5.9999999999999995e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.35 
 
 
589 aa  270  7e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.49 
 
 
589 aa  269  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.93 
 
 
548 aa  269  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.59 
 
 
762 aa  268  2.9999999999999995e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  38.58 
 
 
949 aa  266  7e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 
949 aa  266  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.34 
 
 
1036 aa  265  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.48 
 
 
887 aa  264  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 
1646 aa  263  8e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.71 
 
 
682 aa  262  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.59 
 
 
943 aa  263  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  40.59 
 
 
676 aa  262  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.05 
 
 
1651 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.69 
 
 
705 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0349  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.05 
 
 
722 aa  259  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.081308  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.79 
 
 
711 aa  259  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>