More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5545 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.01 
 
 		 966 aa  833    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  100 
 
 		 1036 aa  2112    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  45.78 
 
 		 949 aa  641    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.91 
 
 		 949 aa  648    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.93 
 
 		 943 aa  641    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.39 
 
 		 810 aa  671    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  64.58 
 
 		 905 aa  698    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  61.5 
 
 		 1036 aa  677    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  51.99 
 
 		 1651 aa  625  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.05 
 
 		 1646 aa  628  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.15 
 
 		 1631 aa  620  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.79 
 
 		 789 aa  545  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.79 
 
 		 789 aa  545  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.58 
 
 		 789 aa  542  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.31 
 
 		 807 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.55 
 
 		 781 aa  511  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.41 
 
 		 887 aa  501  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.39 
 
 		 732 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.74 
 
 		 782 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.74 
 
 		 734 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.75 
 
 		 864 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.86 
 
 		 916 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  34.58 
 
 		 847 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.61 
 
 		 1050 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.83 
 
 		 964 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 		 845 aa  428  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.77 
 
 		 815 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  51.99 
 
 		 611 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  51.99 
 
 		 611 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.55 
 
 		 703 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  51.99 
 
 		 611 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  51.99 
 
 		 611 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  51.99 
 
 		 611 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  51.99 
 
 		 611 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 		 818 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  37.15 
 
 		 1065 aa  416  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.83 
 
 		 1065 aa  410  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  46.02 
 
 		 571 aa  411  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.78 
 
 		 588 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  47.01 
 
 		 573 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.66 
 
 		 589 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.66 
 
 		 589 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.78 
 
 		 548 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.59 
 
 		 1215 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.59 
 
 		 740 aa  403  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.86 
 
 		 589 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.44 
 
 		 589 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.17 
 
 		 741 aa  398  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.33 
 
 		 727 aa  399  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.11 
 
 		 727 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.26 
 
 		 812 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  51.14 
 
 		 726 aa  392  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.71 
 
 		 936 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  49.76 
 
 		 490 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.84 
 
 		 1013 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.67 
 
 		 926 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  51.34 
 
 		 416 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.16 
 
 		 814 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 		 1086 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 		 1011 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  51.16 
 
 		 936 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.45 
 
 		 1059 aa  381  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  48.83 
 
 		 529 aa  382  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.26 
 
 		 926 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 		 1225 aa  379  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.74 
 
 		 858 aa  379  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 		 1092 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  49.63 
 
 		 933 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.98 
 
 		 625 aa  376  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  37.52 
 
 		 1225 aa  375  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  34.26 
 
 		 1086 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.2 
 
 		 686 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.77 
 
 		 1089 aa  372  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 		 957 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.27 
 
 		 588 aa  373  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.131409  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  50.13 
 
 		 743 aa  369  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.56 
 
 		 999 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  32.15 
 
 		 858 aa  369  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  41.32 
 
 		 676 aa  366  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.49 
 
 		 827 aa  365  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.6 
 
 		 492 aa  365  3e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.16 
 
 		 998 aa  364  4e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.85 
 
 		 622 aa  364  4e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.81 
 
 		 889 aa  364  5.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  41.92 
 
 		 956 aa  362  1e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.91 
 
 		 532 aa  362  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.73 
 
 		 673 aa  361  4e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 		 830 aa  360  7e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.42 
 
 		 1105 aa  360  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.26 
 
 		 913 aa  360  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.56 
 
 		 1076 aa  358  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  40.92 
 
 		 827 aa  358  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  40.32 
 
 		 676 aa  355  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.89 
 
 		 695 aa  354  4e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.89 
 
 		 1381 aa  353  7e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 		 1022 aa  353  8e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.49 
 
 		 1095 aa  352  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.15 
 
 		 837 aa  352  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  45.45 
 
 		 618 aa  351  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  35.03 
 
 		 692 aa  350  1e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>