More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3596 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.64 
 
 
913 aa  660    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
926 aa  1870    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.42 
 
 
926 aa  1055    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  66.88 
 
 
936 aa  1216    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  55.59 
 
 
933 aa  968    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  40.8 
 
 
909 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0035  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.09 
 
 
921 aa  588  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233169  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  51.85 
 
 
761 aa  512  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  64.95 
 
 
529 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  49.15 
 
 
754 aa  499  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  62.82 
 
 
490 aa  485  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.99 
 
 
1193 aa  472  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.68 
 
 
936 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.45 
 
 
1076 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.87 
 
 
1053 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.35 
 
 
1105 aa  452  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.97 
 
 
1050 aa  446  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  52.31 
 
 
618 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.43 
 
 
966 aa  393  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.21 
 
 
655 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.25 
 
 
1631 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  50.9 
 
 
1651 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.63 
 
 
1646 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  50.26 
 
 
1036 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.55 
 
 
743 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.01 
 
 
740 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.59 
 
 
810 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.72 
 
 
789 aa  372  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.62 
 
 
673 aa  371  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.42 
 
 
741 aa  372  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.23 
 
 
1036 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  49.62 
 
 
812 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
949 aa  368  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.51 
 
 
789 aa  365  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.51 
 
 
789 aa  365  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.49 
 
 
905 aa  365  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  49.75 
 
 
949 aa  364  4e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.25 
 
 
943 aa  360  6e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.1 
 
 
807 aa  360  9e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.13 
 
 
781 aa  359  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  49.24 
 
 
726 aa  357  7.999999999999999e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.25 
 
 
727 aa  348  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.39 
 
 
727 aa  348  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.3 
 
 
782 aa  345  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.78 
 
 
1132 aa  342  2e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.53 
 
 
766 aa  342  2e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  48.35 
 
 
573 aa  342  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.64 
 
 
818 aa  340  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.17 
 
 
887 aa  340  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  48.35 
 
 
571 aa  340  7e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  48.08 
 
 
611 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  48.08 
 
 
611 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  48.08 
 
 
611 aa  339  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  47.83 
 
 
611 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  47.83 
 
 
611 aa  338  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  47.83 
 
 
611 aa  338  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
734 aa  337  5.999999999999999e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.53 
 
 
1086 aa  336  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.45 
 
 
622 aa  335  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 
1065 aa  334  4e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.66 
 
 
889 aa  334  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  44.24 
 
 
1065 aa  333  9e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.18 
 
 
814 aa  333  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
1092 aa  332  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.62 
 
 
732 aa  332  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.31 
 
 
807 aa  331  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.3 
 
 
812 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.5 
 
 
548 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  39.77 
 
 
1086 aa  329  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.68 
 
 
999 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  44.53 
 
 
646 aa  328  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.73 
 
 
957 aa  327  8.000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  37.75 
 
 
646 aa  326  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  48.09 
 
 
743 aa  326  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.82 
 
 
625 aa  326  1e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.33 
 
 
532 aa  326  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.73 
 
 
916 aa  325  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.14 
 
 
557 aa  320  6e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.34 
 
 
492 aa  320  7e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.23 
 
 
632 aa  319  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
1165 aa  319  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.9 
 
 
1180 aa  319  1e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.42 
 
 
1079 aa  318  2e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.44 
 
 
589 aa  319  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.44 
 
 
589 aa  319  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.13 
 
 
1050 aa  319  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 
885 aa  319  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.46 
 
 
890 aa  318  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.44 
 
 
588 aa  318  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  43.41 
 
 
824 aa  317  5e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.8 
 
 
1215 aa  317  5e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.69 
 
 
1089 aa  317  6e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.94 
 
 
589 aa  317  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.58 
 
 
1022 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  35.48 
 
 
1005 aa  315  1.9999999999999998e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.48 
 
 
1095 aa  315  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  43.63 
 
 
541 aa  315  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.68 
 
 
589 aa  315  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  43.63 
 
 
541 aa  315  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.73 
 
 
769 aa  315  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>