More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3355 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.45 
 
 		 688 aa  684    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  91.95 
 
 		 646 aa  1226    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  100 
 
 		 646 aa  1321    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.14 
 
 		 688 aa  686    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.63 
 
 		 686 aa  670    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  53.26 
 
 		 847 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.28 
 
 		 858 aa  684    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.87 
 
 		 830 aa  692    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.23 
 
 		 691 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.11 
 
 		 688 aa  704    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  74.62 
 
 		 999 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  70.97 
 
 		 1086 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  70.51 
 
 		 1092 aa  600  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  70.51 
 
 		 1086 aa  600  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.86 
 
 		 1089 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.51 
 
 		 1381 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.19 
 
 		 998 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  73.89 
 
 		 1050 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.62 
 
 		 957 aa  570  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  70.9 
 
 		 492 aa  566  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  70.23 
 
 		 1095 aa  566  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.03 
 
 		 695 aa  568  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.44 
 
 		 977 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.8 
 
 		 916 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  56.65 
 
 		 1092 aa  554  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.67 
 
 		 573 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  56.67 
 
 		 692 aa  554  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.65 
 
 		 1103 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  68.17 
 
 		 889 aa  552  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  47.78 
 
 		 956 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.43 
 
 		 1022 aa  550  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  47.72 
 
 		 827 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  68.07 
 
 		 537 aa  548  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  68.48 
 
 		 890 aa  542  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  65.83 
 
 		 772 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.87 
 
 		 1165 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  50.81 
 
 		 695 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  47.24 
 
 		 1065 aa  486  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.97 
 
 		 1065 aa  486  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  67.1 
 
 		 845 aa  488  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  47.5 
 
 		 691 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  62.5 
 
 		 812 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  44.28 
 
 		 691 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  59.15 
 
 		 695 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.07 
 
 		 553 aa  465  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.11 
 
 		 1215 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.8 
 
 		 728 aa  455  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.98 
 
 		 553 aa  452  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.92 
 
 		 979 aa  450  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.25 
 
 		 814 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 		 551 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  53.08 
 
 		 556 aa  436  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.85 
 
 		 941 aa  438  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.75 
 
 		 1225 aa  435  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  47.24 
 
 		 939 aa  435  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  47.68 
 
 		 1225 aa  429  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  59.22 
 
 		 754 aa  432  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  55.75 
 
 		 676 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.98 
 
 		 1164 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  55.58 
 
 		 676 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.25 
 
 		 845 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  43.61 
 
 		 1164 aa  422  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.65 
 
 		 689 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.88 
 
 		 827 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.68 
 
 		 922 aa  417  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  56.44 
 
 		 558 aa  412  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.36 
 
 		 864 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  42.02 
 
 		 783 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.72 
 
 		 783 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.46 
 
 		 785 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.05 
 
 		 943 aa  387  1e-106  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  49.49 
 
 		 573 aa  385  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.3 
 
 		 742 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  51.93 
 
 		 571 aa  382  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  52.04 
 
 		 416 aa  379  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.25 
 
 		 622 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.96 
 
 		 762 aa  381  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.04 
 
 		 814 aa  379  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.44 
 
 		 966 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  54.82 
 
 		 556 aa  378  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.98 
 
 		 548 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.29 
 
 		 764 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 		 943 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.1 
 
 		 789 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 		 1631 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.38 
 
 		 727 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.11 
 
 		 1014 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.1 
 
 		 741 aa  369  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.66 
 
 		 818 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 		 1651 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  53.73 
 
 		 743 aa  365  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.36 
 
 		 625 aa  365  2e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.43 
 
 		 708 aa  364  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.91 
 
 		 689 aa  363  4e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.72 
 
 		 740 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.86 
 
 		 727 aa  363  7.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  44.65 
 
 		 726 aa  363  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  37.06 
 
 		 949 aa  362  1e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 		 949 aa  362  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.97 
 
 		 1646 aa  361  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>