More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1778 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  90.85 
 
 		 827 aa  1489    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  100 
 
 		 956 aa  1944    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  64.75 
 
 		 858 aa  901    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  73.72 
 
 		 998 aa  1434    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  63.62 
 
 		 847 aa  889    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  65.98 
 
 		 686 aa  912    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  62.76 
 
 		 830 aa  880    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.31 
 
 		 1086 aa  611  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  50.06 
 
 		 1086 aa  611  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.19 
 
 		 1092 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  70.52 
 
 		 890 aa  597  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  73.38 
 
 		 999 aa  594  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 1050 aa  592  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  49.63 
 
 		 646 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  72.97 
 
 		 1095 aa  582  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.4 
 
 		 1089 aa  567  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  47.78 
 
 		 646 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  72.37 
 
 		 1381 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  45.49 
 
 		 1092 aa  561  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.49 
 
 		 1103 aa  561  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.61 
 
 		 977 aa  557  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  72.42 
 
 		 537 aa  554  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  72.42 
 
 		 573 aa  550  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.47 
 
 		 916 aa  551  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.6 
 
 		 957 aa  549  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  71.91 
 
 		 692 aa  550  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.12 
 
 		 695 aa  549  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.54 
 
 		 492 aa  548  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  67.94 
 
 		 772 aa  537  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.19 
 
 		 1022 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  65.11 
 
 		 845 aa  504  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.38 
 
 		 889 aa  504  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.27 
 
 		 812 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  57.83 
 
 		 691 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  57.11 
 
 		 691 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.25 
 
 		 1224 aa  479  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  42.59 
 
 		 1065 aa  474  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.92 
 
 		 814 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 		 1065 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  45.82 
 
 		 676 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  49.34 
 
 		 695 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  45.8 
 
 		 676 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  50.92 
 
 		 695 aa  459  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.95 
 
 		 1165 aa  457  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 941 aa  451  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  52.24 
 
 		 556 aa  449  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.66 
 
 		 728 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.86 
 
 		 845 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 939 aa  431  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.15 
 
 		 691 aa  429  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.54 
 
 		 689 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.81 
 
 		 1215 aa  427  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  56.25 
 
 		 754 aa  422  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.6 
 
 		 864 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.68 
 
 		 943 aa  416  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.08 
 
 		 922 aa  411  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 979 aa  411  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.76 
 
 		 1225 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.48 
 
 		 708 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  55.13 
 
 		 1225 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 		 887 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 		 827 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  52.96 
 
 		 556 aa  392  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 966 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.39 
 
 		 688 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  50 
 
 		 558 aa  379  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.09 
 
 		 1134 aa  378  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.79 
 
 		 688 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.77 
 
 		 688 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.16 
 
 		 548 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  41.92 
 
 		 1036 aa  370  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  48 
 
 		 416 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  45.16 
 
 		 573 aa  369  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 		 943 aa  369  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.68 
 
 		 703 aa  366  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.56 
 
 		 789 aa  366  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.45 
 
 		 905 aa  366  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.7 
 
 		 727 aa  363  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.47 
 
 		 625 aa  363  1e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.41 
 
 		 789 aa  362  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.41 
 
 		 789 aa  362  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.63 
 
 		 553 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.88 
 
 		 553 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  45.95 
 
 		 571 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.29 
 
 		 622 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.86 
 
 		 689 aa  358  1.9999999999999998e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 		 949 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.89 
 
 		 807 aa  358  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.28 
 
 		 727 aa  358  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 		 721 aa  355  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.98 
 
 		 532 aa  354  5e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 		 964 aa  353  8.999999999999999e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  34.69 
 
 		 949 aa  353  1e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.38 
 
 		 782 aa  350  6e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.25 
 
 		 1067 aa  349  1e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.33 
 
 		 762 aa  348  4e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 701 aa  347  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  49.38 
 
 		 701 aa  347  8.999999999999999e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.94 
 
 		 740 aa  346  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.86 
 
 		 691 aa  345  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>