More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2377 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  86.17 
 
 		 688 aa  1188    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  55.42 
 
 		 646 aa  711    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  55.11 
 
 		 646 aa  704    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  86.03 
 
 		 688 aa  1187    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 688 aa  1390    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  67.1 
 
 		 691 aa  925    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  43.42 
 
 		 847 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.31 
 
 		 686 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.53 
 
 		 830 aa  535  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 		 858 aa  504  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.53 
 
 		 553 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.15 
 
 		 553 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.67 
 
 		 551 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.24 
 
 		 998 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.31 
 
 		 1089 aa  419  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.48 
 
 		 999 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.55 
 
 		 1022 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  38.74 
 
 		 827 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.12 
 
 		 1050 aa  410  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.49 
 
 		 957 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.86 
 
 		 1092 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.63 
 
 		 1165 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  52.86 
 
 		 1086 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.99 
 
 		 1086 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.24 
 
 		 492 aa  398  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.51 
 
 		 916 aa  399  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.4 
 
 		 1381 aa  398  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.7 
 
 		 889 aa  399  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  51.24 
 
 		 695 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  42.71 
 
 		 692 aa  393  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  50 
 
 		 537 aa  391  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.36 
 
 		 573 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.73 
 
 		 977 aa  389  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.48 
 
 		 1095 aa  385  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.5 
 
 		 890 aa  385  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  50.13 
 
 		 695 aa  382  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.97 
 
 		 1103 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  38.65 
 
 		 1065 aa  382  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  51.97 
 
 		 1092 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  50.26 
 
 		 772 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.9 
 
 		 695 aa  379  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.37 
 
 		 845 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49 
 
 		 1065 aa  373  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  41.19 
 
 		 691 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  50.39 
 
 		 956 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  41.96 
 
 		 691 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.38 
 
 		 785 aa  372  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.88 
 
 		 941 aa  365  1e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.85 
 
 		 783 aa  363  8e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  37.82 
 
 		 783 aa  361  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.88 
 
 		 728 aa  361  3e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.24 
 
 		 827 aa  360  6e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  50.52 
 
 		 754 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  45.95 
 
 		 556 aa  356  5.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.92 
 
 		 814 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.48 
 
 		 812 aa  352  1e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.25 
 
 		 864 aa  351  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  38.8 
 
 		 676 aa  349  9e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  44.55 
 
 		 676 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.38 
 
 		 979 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 		 845 aa  344  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 		 943 aa  338  9.999999999999999e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.91 
 
 		 1215 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 		 1164 aa  336  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  38.95 
 
 		 1164 aa  333  5e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.18 
 
 		 689 aa  331  3e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  47.41 
 
 		 939 aa  329  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.15 
 
 		 762 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.55 
 
 		 742 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 		 922 aa  327  4.0000000000000003e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.96 
 
 		 1225 aa  326  7e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  47.7 
 
 		 1225 aa  325  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  47.21 
 
 		 556 aa  317  3e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.04 
 
 		 689 aa  317  4e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  44.92 
 
 		 573 aa  317  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.83 
 
 		 688 aa  314  2.9999999999999996e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 764 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 		 814 aa  311  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.66 
 
 		 826 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.39 
 
 		 548 aa  310  6.999999999999999e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.33 
 
 		 789 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.33 
 
 		 789 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 		 1014 aa  306  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.36 
 
 		 727 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  46.31 
 
 		 743 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.93 
 
 		 1631 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  42.68 
 
 		 558 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 		 1134 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 966 aa  301  3e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.33 
 
 		 789 aa  301  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.42 
 
 		 807 aa  300  6e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.72 
 
 		 568 aa  300  6e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.65 
 
 		 740 aa  299  9e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.79 
 
 		 818 aa  299  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 		 782 aa  299  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  41.41 
 
 		 726 aa  298  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  43.15 
 
 		 571 aa  298  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.41 
 
 		 741 aa  297  4e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 1651 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.14 
 
 		 657 aa  296  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>