More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3545 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 553 aa  1115    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  72.6 
 
 		 551 aa  788    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  96.2 
 
 		 553 aa  1067    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.76 
 
 		 688 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.58 
 
 		 688 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.53 
 
 		 688 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  47.98 
 
 		 646 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.4 
 
 		 691 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  46.89 
 
 		 646 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.66 
 
 		 1089 aa  363  3e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.41 
 
 		 1022 aa  360  4e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.5 
 
 		 999 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  48.63 
 
 		 956 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.08 
 
 		 889 aa  347  3e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.09 
 
 		 728 aa  345  8.999999999999999e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  46.12 
 
 		 695 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  47.76 
 
 		 827 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.61 
 
 		 1381 aa  342  1e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.09 
 
 		 957 aa  341  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  44.78 
 
 		 695 aa  340  4e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.49 
 
 		 1086 aa  340  4e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  44.57 
 
 		 691 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.86 
 
 		 492 aa  339  7e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.34 
 
 		 1092 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.42 
 
 		 998 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  48.34 
 
 		 1086 aa  337  5e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.63 
 
 		 1050 aa  336  7.999999999999999e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  46.93 
 
 		 691 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.27 
 
 		 686 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.66 
 
 		 916 aa  333  4e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.39 
 
 		 695 aa  333  6e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.51 
 
 		 858 aa  333  7.000000000000001e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.12 
 
 		 772 aa  332  9e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.1 
 
 		 943 aa  330  3e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 1165 aa  331  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  45.41 
 
 		 847 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.99 
 
 		 830 aa  329  6e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.63 
 
 		 890 aa  329  9e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.02 
 
 		 1095 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.13 
 
 		 573 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.4 
 
 		 977 aa  326  6e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  45.13 
 
 		 537 aa  326  6e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  45.13 
 
 		 692 aa  325  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  41.19 
 
 		 556 aa  324  3e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.67 
 
 		 941 aa  323  4e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.23 
 
 		 979 aa  323  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.25 
 
 		 845 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  48.43 
 
 		 1092 aa  319  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.17 
 
 		 1103 aa  317  4e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.33 
 
 		 827 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.32 
 
 		 742 aa  311  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 		 845 aa  310  5e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  45.16 
 
 		 1065 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.29 
 
 		 1164 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  39.96 
 
 		 939 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.25 
 
 		 568 aa  307  4.0000000000000004e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  38.07 
 
 		 1164 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.67 
 
 		 1065 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.43 
 
 		 812 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.3 
 
 		 754 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.29 
 
 		 864 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.58 
 
 		 689 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.56 
 
 		 814 aa  301  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.28 
 
 		 922 aa  300  4e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.29 
 
 		 689 aa  295  2e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  41.81 
 
 		 558 aa  293  4e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.61 
 
 		 1215 aa  293  4e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.53 
 
 		 762 aa  292  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.34 
 
 		 740 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 		 688 aa  290  5.0000000000000004e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.42 
 
 		 660 aa  289  9e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  43.4 
 
 		 676 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  42.39 
 
 		 573 aa  288  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  44.78 
 
 		 571 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.47 
 
 		 673 aa  286  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  41.65 
 
 		 676 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 		 661 aa  283  8.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 		 1014 aa  282  9e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.22 
 
 		 927 aa  282  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.1 
 
 		 826 aa  280  5e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  41.79 
 
 		 538 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44 
 
 		 721 aa  279  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.48 
 
 		 741 aa  279  9e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 		 814 aa  279  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.89 
 
 		 964 aa  278  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.6 
 
 		 548 aa  277  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 		 818 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.21 
 
 		 708 aa  277  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.75 
 
 		 691 aa  276  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 		 707 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  40.99 
 
 		 538 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  40.83 
 
 		 726 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.17 
 
 		 1225 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.15 
 
 		 575 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  41.04 
 
 		 538 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 653 aa  273  6e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.99 
 
 		 774 aa  272  9e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.43 
 
 		 532 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  43.67 
 
 		 1225 aa  272  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.47 
 
 		 766 aa  272  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>