More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2505 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3430  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  85.12 
 
 		 705 aa  1180    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  63.1 
 
 		 657 aa  835    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 707 aa  1448    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2332  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  84.13 
 
 		 687 aa  1143    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  39.16 
 
 		 692 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  36.94 
 
 		 695 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.51 
 
 		 688 aa  431  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.99 
 
 		 695 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  36.42 
 
 		 695 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 		 573 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.37 
 
 		 1089 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.99 
 
 		 957 aa  379  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 		 1022 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.04 
 
 		 1381 aa  376  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.75 
 
 		 979 aa  368  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 		 916 aa  369  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.65 
 
 		 1065 aa  368  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  37.83 
 
 		 1065 aa  365  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.94 
 
 		 977 aa  362  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.45 
 
 		 941 aa  360  5e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  39.41 
 
 		 1092 aa  360  7e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.41 
 
 		 1103 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  38.2 
 
 		 939 aa  356  1e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 		 827 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.09 
 
 		 492 aa  352  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.3 
 
 		 1050 aa  348  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.98 
 
 		 943 aa  348  2e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.82 
 
 		 1095 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.72 
 
 		 1165 aa  331  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  40.57 
 
 		 537 aa  325  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.57 
 
 		 887 aa  321  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.3 
 
 		 922 aa  318  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 		 1225 aa  318  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.05 
 
 		 1215 aa  318  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  36.87 
 
 		 1225 aa  317  4e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38 
 
 		 1067 aa  316  9e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 		 703 aa  307  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  42 
 
 		 646 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 		 1646 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 		 998 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.32 
 
 		 890 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.24 
 
 		 1086 aa  303  8.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.63 
 
 		 1631 aa  303  9e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 1651 aa  303  9e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.82 
 
 		 889 aa  302  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  38.67 
 
 		 827 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  37.52 
 
 		 691 aa  301  3e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  42.31 
 
 		 646 aa  301  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.92 
 
 		 686 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 830 aa  300  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  37.68 
 
 		 847 aa  300  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  37.31 
 
 		 956 aa  299  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.76 
 
 		 1092 aa  298  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  44.85 
 
 		 556 aa  298  3e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.38 
 
 		 999 aa  297  5e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.57 
 
 		 728 aa  296  6e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  44.1 
 
 		 1086 aa  295  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.8 
 
 		 689 aa  294  4e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.73 
 
 		 812 aa  293  9e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  39.78 
 
 		 691 aa  291  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.25 
 
 		 720 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.86 
 
 		 772 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 		 858 aa  290  8e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 		 818 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 		 647 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.82 
 
 		 864 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.69 
 
 		 688 aa  283  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.62 
 
 		 845 aa  281  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.77 
 
 		 762 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  40.2 
 
 		 676 aa  279  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  41.24 
 
 		 676 aa  279  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.5 
 
 		 814 aa  278  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.75 
 
 		 754 aa  278  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 		 927 aa  277  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 		 553 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.95 
 
 		 553 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.95 
 
 		 742 aa  271  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.42 
 
 		 1057 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.97 
 
 		 551 aa  267  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.9 
 
 		 688 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 		 795 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.74 
 
 		 688 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 		 681 aa  262  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 		 812 aa  263  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 		 689 aa  262  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 951 aa  262  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  33.09 
 
 		 793 aa  262  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 		 845 aa  259  9e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 		 691 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  32.92 
 
 		 796 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.07 
 
 		 946 aa  259  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.44 
 
 		 944 aa  257  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  37.56 
 
 		 681 aa  256  8e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 683 aa  256  9e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 682 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.57 
 
 		 782 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.56 
 
 		 681 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 		 727 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2354  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.64 
 
 		 795 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.250771 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  38.32 
 
 		 559 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>