More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2354 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2354  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 795 aa  1602    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.250771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3341  multi-sensor hybrid histidine kinase  98.36 
 
 		 795 aa  1576    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.679688 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1954  multi-sensor hybrid histidine kinase  93.84 
 
 		 795 aa  1368    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576685  normal  0.0880633 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  88.29 
 
 		 795 aa  1295    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  53.73 
 
 		 575 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.95 
 
 		 1089 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 		 957 aa  410  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.51 
 
 		 1013 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  37.41 
 
 		 1065 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  40.72 
 
 		 939 aa  405  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 		 922 aa  402  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.41 
 
 		 1065 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.25 
 
 		 720 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 		 1381 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.9 
 
 		 977 aa  398  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 		 941 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  53.16 
 
 		 575 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.51 
 
 		 1022 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 		 1086 aa  382  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2204  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  53.09 
 
 		 588 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0313534  normal  0.331001 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 1092 aa  372  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.63 
 
 		 827 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  37.02 
 
 		 1086 aa  372  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.97 
 
 		 943 aa  364  4e-99  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  38.2 
 
 		 692 aa  363  6e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 		 979 aa  362  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 		 695 aa  362  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.51 
 
 		 916 aa  362  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  40.69 
 
 		 1092 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.69 
 
 		 1103 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.07 
 
 		 1067 aa  357  6.999999999999999e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.03 
 
 		 1057 aa  351  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.56 
 
 		 573 aa  350  8e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.54 
 
 		 1095 aa  348  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 		 1631 aa  348  3e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.56 
 
 		 1646 aa  348  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 		 492 aa  343  1e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.97 
 
 		 1215 aa  342  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 		 812 aa  342  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 		 1651 aa  340  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 944 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 951 aa  337  7.999999999999999e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 		 814 aa  336  1e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 		 1076 aa  335  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.34 
 
 		 1224 aa  334  5e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  38.12 
 
 		 695 aa  330  9e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  37.02 
 
 		 796 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.13 
 
 		 927 aa  328  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.68 
 
 		 688 aa  328  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.89 
 
 		 1225 aa  327  5e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.96 
 
 		 1050 aa  327  5e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  37.25 
 
 		 793 aa  325  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  43.14 
 
 		 537 aa  325  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  39.33 
 
 		 1225 aa  323  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 946 aa  320  9e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 845 aa  318  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 		 769 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  37.88 
 
 		 695 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.32 
 
 		 999 aa  312  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 		 818 aa  312  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.27 
 
 		 520 aa  310  5.9999999999999995e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  36.04 
 
 		 646 aa  310  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 581 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.32 
 
 		 889 aa  309  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  35.98 
 
 		 646 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0933  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.74 
 
 		 760 aa  307  5.0000000000000004e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.964864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 		 548 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 806 aa  305  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  34.13 
 
 		 691 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 		 689 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  44.42 
 
 		 571 aa  303  7.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  41.1 
 
 		 573 aa  303  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.2 
 
 		 890 aa  302  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.03 
 
 		 762 aa  301  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  44.42 
 
 		 416 aa  301  3e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.52 
 
 		 966 aa  300  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.03 
 
 		 905 aa  299  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.75 
 
 		 657 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  33.77 
 
 		 691 aa  296  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 		 830 aa  296  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 		 773 aa  295  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.63 
 
 		 622 aa  295  2e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  36.82 
 
 		 847 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43 
 
 		 754 aa  294  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.19 
 
 		 772 aa  294  4e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.73 
 
 		 809 aa  294  5e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 		 686 aa  294  5e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  44.72 
 
 		 701 aa  293  8e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.19 
 
 		 864 aa  292  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  41.43 
 
 		 676 aa  292  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  39.08 
 
 		 539 aa  291  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.18 
 
 		 899 aa  292  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  37.25 
 
 		 783 aa  292  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.1 
 
 		 773 aa  291  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  41.09 
 
 		 556 aa  291  4e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.07 
 
 		 707 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 858 aa  290  8e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 		 783 aa  290  8e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.91 
 
 		 845 aa  290  9e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 		 837 aa  290  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>