More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2406 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  66.88 
 
 		 769 aa  1063    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  95.08 
 
 		 773 aa  1488    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 773 aa  1576    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  42.89 
 
 		 824 aa  588  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.84 
 
 		 650 aa  581  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.1 
 
 		 853 aa  514  1e-144  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.36 
 
 		 859 aa  501  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 		 1260 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.39 
 
 		 1260 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.25 
 
 		 962 aa  397  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3045  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.75 
 
 		 954 aa  397  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00011876  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.47 
 
 		 1079 aa  393  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.6 
 
 		 1132 aa  394  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.83 
 
 		 557 aa  394  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 		 1051 aa  383  1e-105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  39.33 
 
 		 733 aa  383  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 		 1134 aa  377  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.57 
 
 		 1148 aa  366  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 		 777 aa  368  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  48.35 
 
 		 766 aa  367  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 		 991 aa  365  2e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 642 aa  364  4e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 845 aa  363  8e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.01 
 
 		 828 aa  363  9e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 796 aa  360  6e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 		 845 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 		 796 aa  356  8.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  35.85 
 
 		 749 aa  355  2.9999999999999997e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 		 1106 aa  354  4e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.16 
 
 		 1180 aa  352  1e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 		 641 aa  352  2e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.76 
 
 		 1176 aa  343  5e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 		 1102 aa  341  2e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 		 661 aa  342  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 		 955 aa  341  2.9999999999999998e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.06 
 
 		 823 aa  341  4e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 		 955 aa  340  5.9999999999999996e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 		 819 aa  340  5.9999999999999996e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.39 
 
 		 639 aa  336  1e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.95 
 
 		 692 aa  336  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.89 
 
 		 637 aa  335  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.07 
 
 		 994 aa  334  3e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 		 522 aa  334  4e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 663 aa  333  6e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 		 949 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  38.2 
 
 		 1112 aa  330  8e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 		 645 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.85 
 
 		 711 aa  328  2.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.89 
 
 		 1108 aa  328  3e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.31 
 
 		 692 aa  328  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.43 
 
 		 657 aa  327  4.0000000000000003e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 		 643 aa  327  6e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  37.06 
 
 		 949 aa  326  1e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.69 
 
 		 677 aa  326  1e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  44.96 
 
 		 527 aa  326  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 		 943 aa  326  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  38.3 
 
 		 1015 aa  325  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.92 
 
 		 849 aa  324  3e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.48 
 
 		 983 aa  324  3e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  37.04 
 
 		 844 aa  324  5e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 		 1113 aa  324  5e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 		 885 aa  323  5e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.81 
 
 		 664 aa  323  6e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 		 1322 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.62 
 
 		 660 aa  321  3e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 		 743 aa  321  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0933  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 		 760 aa  320  3.9999999999999996e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.964864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 		 673 aa  320  5e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.85 
 
 		 925 aa  320  5e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.36 
 
 		 926 aa  320  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 		 1124 aa  319  1e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  36.67 
 
 		 541 aa  318  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  36.67 
 
 		 541 aa  318  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 668 aa  318  3e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.06 
 
 		 822 aa  318  3e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.16 
 
 		 1279 aa  317  5e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 		 1018 aa  317  7e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  43.72 
 
 		 571 aa  317  7e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0454  multisensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 		 766 aa  316  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2107  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 		 770 aa  316  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.54 
 
 		 953 aa  315  2.9999999999999996e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  36.45 
 
 		 1561 aa  315  2.9999999999999996e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.94 
 
 		 946 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.06 
 
 		 874 aa  314  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 		 840 aa  312  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.97 
 
 		 1021 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  36.79 
 
 		 541 aa  311  4e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  43.35 
 
 		 654 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4271  histidine kinase  41.12 
 
 		 525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 		 752 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.5 
 
 		 753 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.65 
 
 		 766 aa  308  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.35 
 
 		 680 aa  308  3e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  35.62 
 
 		 539 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  42.44 
 
 		 936 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  38.76 
 
 		 892 aa  307  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 		 810 aa  307  6e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 		 880 aa  306  7e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  37.2 
 
 		 544 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.78 
 
 		 655 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>