More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2406 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  66.88 
 
 
769 aa  1063    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  95.08 
 
 
773 aa  1488    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
773 aa  1576    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  42.89 
 
 
824 aa  588  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.84 
 
 
650 aa  581  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.1 
 
 
853 aa  514  1e-144  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.36 
 
 
859 aa  501  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
1260 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.39 
 
 
1260 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.25 
 
 
962 aa  397  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3045  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.75 
 
 
954 aa  397  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00011876  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.47 
 
 
1079 aa  393  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.6 
 
 
1132 aa  394  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.83 
 
 
557 aa  394  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 
1051 aa  383  1e-105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  39.33 
 
 
733 aa  383  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 
1134 aa  377  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.57 
 
 
1148 aa  366  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 
777 aa  368  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  48.35 
 
 
766 aa  367  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 
991 aa  365  2e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
642 aa  364  4e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
845 aa  363  8e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.01 
 
 
828 aa  363  9e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
796 aa  360  6e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 
845 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 
796 aa  356  8.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  35.85 
 
 
749 aa  355  2.9999999999999997e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
1106 aa  354  4e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.16 
 
 
1180 aa  352  1e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
641 aa  352  2e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.76 
 
 
1176 aa  343  5e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 
1102 aa  341  2e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 
661 aa  342  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 
955 aa  341  2.9999999999999998e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.06 
 
 
823 aa  341  4e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
955 aa  340  5.9999999999999996e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 
819 aa  340  5.9999999999999996e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.39 
 
 
639 aa  336  1e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.95 
 
 
692 aa  336  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.89 
 
 
637 aa  335  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.07 
 
 
994 aa  334  3e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 
522 aa  334  4e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 
663 aa  333  6e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 
949 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  38.2 
 
 
1112 aa  330  8e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
645 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.85 
 
 
711 aa  328  2.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.89 
 
 
1108 aa  328  3e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.31 
 
 
692 aa  328  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.43 
 
 
657 aa  327  4.0000000000000003e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 
643 aa  327  6e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  37.06 
 
 
949 aa  326  1e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.69 
 
 
677 aa  326  1e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  44.96 
 
 
527 aa  326  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 
943 aa  326  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  38.3 
 
 
1015 aa  325  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.92 
 
 
849 aa  324  3e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.48 
 
 
983 aa  324  3e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  37.04 
 
 
844 aa  324  5e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 
1113 aa  324  5e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 
885 aa  323  5e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.81 
 
 
664 aa  323  6e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 
1322 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.62 
 
 
660 aa  321  3e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 
743 aa  321  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0933  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 
760 aa  320  3.9999999999999996e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.964864  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 
673 aa  320  5e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.85 
 
 
925 aa  320  5e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.36 
 
 
926 aa  320  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 
1124 aa  319  1e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  36.67 
 
 
541 aa  318  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  36.67 
 
 
541 aa  318  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 
668 aa  318  3e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.06 
 
 
822 aa  318  3e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.16 
 
 
1279 aa  317  5e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 
1018 aa  317  7e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  43.72 
 
 
571 aa  317  7e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0454  multisensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 
766 aa  316  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2107  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 
770 aa  316  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.54 
 
 
953 aa  315  2.9999999999999996e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  36.45 
 
 
1561 aa  315  2.9999999999999996e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.94 
 
 
946 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.06 
 
 
874 aa  314  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 
840 aa  312  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.97 
 
 
1021 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  36.79 
 
 
541 aa  311  4e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  43.35 
 
 
654 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4271  histidine kinase  41.12 
 
 
525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
752 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.5 
 
 
753 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.65 
 
 
766 aa  308  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.35 
 
 
680 aa  308  3e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  35.62 
 
 
539 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  42.44 
 
 
936 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  38.76 
 
 
892 aa  307  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
810 aa  307  6e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 
880 aa  306  7e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  37.2 
 
 
544 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.78 
 
 
655 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>