More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4180 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  68.45 
 
 
668 aa  875    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
657 aa  1308    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.53 
 
 
546 aa  471  1.0000000000000001e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00154548  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.67 
 
 
853 aa  392  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
859 aa  386  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 
632 aa  384  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
1079 aa  374  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
743 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.91 
 
 
1106 aa  370  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
557 aa  368  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
796 aa  365  1e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.62 
 
 
777 aa  365  1e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.93 
 
 
796 aa  365  2e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
962 aa  363  4e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.08 
 
 
1132 aa  362  2e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.77 
 
 
789 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
782 aa  351  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  35.87 
 
 
812 aa  349  9e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  34.23 
 
 
749 aa  348  2e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
673 aa  348  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 
1102 aa  348  2e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  35.9 
 
 
1561 aa  347  5e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.03 
 
 
979 aa  347  5e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 
769 aa  345  2e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 
670 aa  344  2.9999999999999997e-93  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.1 
 
 
661 aa  343  4e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.76 
 
 
781 aa  343  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  35.49 
 
 
733 aa  343  5.999999999999999e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.36 
 
 
1180 aa  342  1e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.49 
 
 
655 aa  340  4e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.94 
 
 
1134 aa  339  9e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.94 
 
 
673 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 
677 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.36 
 
 
1050 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 
994 aa  336  7e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 
1260 aa  336  1e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.99 
 
 
650 aa  336  1e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.64 
 
 
810 aa  336  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.19 
 
 
1176 aa  335  1e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.35 
 
 
639 aa  335  2e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.42 
 
 
845 aa  335  2e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
789 aa  335  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
789 aa  335  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.43 
 
 
773 aa  334  3e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
1105 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  38.56 
 
 
1065 aa  333  5e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.66 
 
 
845 aa  333  7.000000000000001e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
1108 aa  332  1e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.22 
 
 
849 aa  332  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  43.39 
 
 
1015 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  33.23 
 
 
844 aa  329  9e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 
773 aa  329  9e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  45 
 
 
726 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 
1260 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.72 
 
 
1065 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
1053 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.78 
 
 
740 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.8 
 
 
955 aa  326  7e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
936 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 
1113 aa  324  3e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.2 
 
 
766 aa  324  4e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.35 
 
 
815 aa  323  6e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.58 
 
 
926 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 
1076 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 
955 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 
819 aa  321  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.59 
 
 
641 aa  320  6e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.56 
 
 
828 aa  320  7e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.58 
 
 
741 aa  318  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.93 
 
 
812 aa  317  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
637 aa  316  8e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.84 
 
 
1092 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.38 
 
 
864 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  37.39 
 
 
1112 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  39.67 
 
 
641 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 
753 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 
1148 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 
1051 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  32.18 
 
 
824 aa  314  3.9999999999999997e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
752 aa  314  3.9999999999999997e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
814 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 
807 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  35.66 
 
 
1086 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  29.27 
 
 
1005 aa  311  2.9999999999999997e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.48 
 
 
1381 aa  310  4e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
1086 aa  310  5e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 
818 aa  310  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.38 
 
 
1095 aa  309  9e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.06 
 
 
1018 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 
880 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  44 
 
 
416 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.46 
 
 
823 aa  306  6e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45 
 
 
933 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
1193 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 
1322 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.13 
 
 
736 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  34.36 
 
 
1036 aa  306  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  42.04 
 
 
571 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.4 
 
 
645 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 
643 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>