More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3878 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  92.6 
 
 
677 aa  1248    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
673 aa  1365    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.19 
 
 
1279 aa  486  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.71 
 
 
1322 aa  481  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.67 
 
 
983 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.37 
 
 
692 aa  449  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  41.84 
 
 
844 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.92 
 
 
1260 aa  444  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.55 
 
 
1260 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.89 
 
 
692 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.06 
 
 
1047 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.27 
 
 
1047 aa  428  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.92 
 
 
1180 aa  427  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.61 
 
 
664 aa  421  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.2 
 
 
663 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.06 
 
 
953 aa  411  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.99 
 
 
661 aa  410  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 
1108 aa  409  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.9 
 
 
1113 aa  404  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.37 
 
 
962 aa  389  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.14 
 
 
557 aa  381  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 
853 aa  379  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 
859 aa  377  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 
1132 aa  374  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 
1106 aa  369  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.48 
 
 
955 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.28 
 
 
645 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.35 
 
 
955 aa  364  3e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4271  histidine kinase  46.8 
 
 
525 aa  363  4e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  39.11 
 
 
749 aa  360  3e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.9 
 
 
796 aa  360  4e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.9 
 
 
796 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2428  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.58 
 
 
656 aa  357  5e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00399652  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  49.87 
 
 
654 aa  356  6.999999999999999e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
769 aa  354  4e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.45 
 
 
845 aa  351  3e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.44 
 
 
1102 aa  350  3e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.32 
 
 
668 aa  347  3e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  34.95 
 
 
1561 aa  347  4e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
845 aa  345  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.57 
 
 
766 aa  342  9e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1243  histidine kinase  48.15 
 
 
654 aa  340  5e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0706231 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 
777 aa  339  8e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 
743 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  45.6 
 
 
824 aa  331  3e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.02 
 
 
926 aa  330  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  38.99 
 
 
733 aa  329  9e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.85 
 
 
849 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
657 aa  327  3e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  38.3 
 
 
1112 aa  327  6e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1276  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.46 
 
 
642 aa  324  3e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 
925 aa  324  3e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  37.7 
 
 
1015 aa  324  4e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.88 
 
 
1134 aa  324  4e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.55 
 
 
817 aa  323  5e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  34.02 
 
 
812 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.62 
 
 
819 aa  323  6e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 
639 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
650 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.71 
 
 
1079 aa  321  3e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 
1053 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.42 
 
 
551 aa  318  2e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 
660 aa  318  3e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.43 
 
 
1176 aa  317  5e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 
1076 aa  317  7e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.72 
 
 
823 aa  316  9e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.44 
 
 
807 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  42.36 
 
 
527 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.59 
 
 
828 aa  314  3.9999999999999997e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.02 
 
 
822 aa  313  7.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 
637 aa  312  1e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2947  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.81 
 
 
642 aa  312  1e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
773 aa  312  1e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 
1428 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.22 
 
 
713 aa  311  2.9999999999999997e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00394135  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.99 
 
 
1124 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1296  sensory box histidine kinase/response regulator  38.49 
 
 
726 aa  310  4e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00691779  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.86 
 
 
994 aa  310  4e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 
1105 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
1148 aa  310  6.999999999999999e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.07 
 
 
926 aa  310  8e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 
1051 aa  309  9e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.93 
 
 
897 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0666  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
831 aa  308  2.0000000000000002e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.54 
 
 
655 aa  308  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
773 aa  306  6e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
781 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
789 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
789 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 
673 aa  302  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 
946 aa  302  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.67 
 
 
810 aa  302  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 
782 aa  301  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3045  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.97 
 
 
954 aa  301  3e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00011876  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  42.68 
 
 
571 aa  301  4e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.45 
 
 
641 aa  300  4e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 
1050 aa  300  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.94 
 
 
632 aa  300  4e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 
936 aa  299  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 
522 aa  299  1e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>