More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0542 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.43 
 
 		 1076 aa  1271    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  62.52 
 
 		 1053 aa  1305    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1050 aa  2144    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.51 
 
 		 1105 aa  1299    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.33 
 
 		 1193 aa  551  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.71 
 
 		 936 aa  524  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  61.32 
 
 		 490 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.42 
 
 		 926 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.15 
 
 		 673 aa  475  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  60.31 
 
 		 529 aa  472  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.97 
 
 		 926 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  60.26 
 
 		 933 aa  452  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  46.25 
 
 		 936 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.52 
 
 		 913 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  45.98 
 
 		 761 aa  435  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.57 
 
 		 743 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  45.76 
 
 		 754 aa  419  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  53.15 
 
 		 618 aa  416  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.59 
 
 		 781 aa  412  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.73 
 
 		 810 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.12 
 
 		 789 aa  405  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 		 789 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 		 789 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  41.5 
 
 		 812 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.11 
 
 		 782 aa  399  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.05 
 
 		 807 aa  396  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.03 
 
 		 966 aa  388  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.36 
 
 		 1646 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0035  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.74 
 
 		 921 aa  386  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.28 
 
 		 655 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.96 
 
 		 1651 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  42.62 
 
 		 909 aa  376  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.96 
 
 		 741 aa  375  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  41.44 
 
 		 733 aa  376  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  36.73 
 
 		 1065 aa  372  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 		 632 aa  370  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.95 
 
 		 740 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.44 
 
 		 1036 aa  369  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  49.24 
 
 		 571 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.13 
 
 		 905 aa  366  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  48.4 
 
 		 573 aa  366  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.65 
 
 		 548 aa  365  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.21 
 
 		 1631 aa  366  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 		 1065 aa  365  3e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.39 
 
 		 887 aa  363  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 949 aa  363  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 		 815 aa  362  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 		 962 aa  361  3e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.61 
 
 		 622 aa  360  8e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  38.85 
 
 		 949 aa  360  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  43.41 
 
 		 726 aa  359  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.15 
 
 		 1132 aa  357  5.999999999999999e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 		 1079 aa  355  2e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  46.02 
 
 		 611 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  46.02 
 
 		 611 aa  355  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  46.02 
 
 		 611 aa  355  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  45.88 
 
 		 1036 aa  354  4e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  45.78 
 
 		 611 aa  353  7e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.49 
 
 		 943 aa  353  7e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  45.78 
 
 		 611 aa  353  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  45.78 
 
 		 611 aa  353  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.13 
 
 		 818 aa  351  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 		 1215 aa  351  3e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.85 
 
 		 557 aa  351  5e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.57 
 
 		 812 aa  350  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.24 
 
 		 727 aa  347  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 		 734 aa  347  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 		 657 aa  345  2.9999999999999997e-93  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.49 
 
 		 727 aa  344  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.37 
 
 		 625 aa  344  5e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  34.76 
 
 		 1005 aa  343  9e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  40.3 
 
 		 844 aa  343  1e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.95 
 
 		 814 aa  343  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 		 1381 aa  341  4e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  44.21 
 
 		 534 aa  341  4e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.94 
 
 		 1106 aa  340  9.999999999999999e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 		 1092 aa  339  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 		 807 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.89 
 
 		 1095 aa  338  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.5 
 
 		 532 aa  338  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.1 
 
 		 732 aa  336  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.59 
 
 		 1022 aa  335  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  45.84 
 
 		 743 aa  335  3e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  36.62 
 
 		 1086 aa  335  3e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.32 
 
 		 1260 aa  334  4e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.17 
 
 		 703 aa  333  8e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  33.64 
 
 		 692 aa  333  1e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 		 1050 aa  333  1e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.03 
 
 		 853 aa  332  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.32 
 
 		 1086 aa  332  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.98 
 
 		 999 aa  332  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  46.86 
 
 		 416 aa  332  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.84 
 
 		 762 aa  332  3e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 		 668 aa  332  3e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0226  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 		 1018 aa  330  1.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.92 
 
 		 589 aa  329  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.41 
 
 		 1176 aa  328  4.0000000000000003e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 		 695 aa  328  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.94 
 
 		 964 aa  327  8.000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  42.08 
 
 		 533 aa  327  8.000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>