More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4235 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  100 
 
 
754 aa  1502    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  63.93 
 
 
761 aa  885    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.51 
 
 
926 aa  542  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  52.22 
 
 
936 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  55.49 
 
 
933 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.15 
 
 
926 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.47 
 
 
913 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  58.18 
 
 
529 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  59.38 
 
 
490 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  49.81 
 
 
909 aa  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0035  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.87 
 
 
921 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233169  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.54 
 
 
1053 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.35 
 
 
936 aa  438  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.35 
 
 
1193 aa  438  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  44 
 
 
1076 aa  436  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
1050 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.78 
 
 
1105 aa  422  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  38 
 
 
741 aa  405  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.92 
 
 
740 aa  395  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  49.88 
 
 
618 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.22 
 
 
743 aa  392  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  37.62 
 
 
726 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  49.49 
 
 
812 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.88 
 
 
655 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.13 
 
 
673 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.38 
 
 
966 aa  358  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  49.01 
 
 
1651 aa  351  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.68 
 
 
905 aa  351  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.87 
 
 
1631 aa  349  9e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.14 
 
 
1646 aa  347  6e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.27 
 
 
781 aa  346  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.44 
 
 
789 aa  344  4e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 
949 aa  343  5.999999999999999e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.97 
 
 
727 aa  342  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  37.46 
 
 
949 aa  342  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.12 
 
 
810 aa  342  2e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  45.9 
 
 
1036 aa  339  9.999999999999999e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.5 
 
 
807 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  47.75 
 
 
573 aa  338  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.5 
 
 
548 aa  336  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.65 
 
 
782 aa  335  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.84 
 
 
818 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.64 
 
 
943 aa  332  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  45.69 
 
 
1065 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.12 
 
 
789 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.12 
 
 
789 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 
1132 aa  328  3e-88  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.06 
 
 
812 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.05 
 
 
1036 aa  327  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  45.09 
 
 
571 aa  327  5e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.63 
 
 
727 aa  327  7e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.24 
 
 
887 aa  327  7e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.52 
 
 
1065 aa  325  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.92 
 
 
814 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.8 
 
 
632 aa  321  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.89 
 
 
622 aa  319  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  44.53 
 
 
646 aa  319  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.92 
 
 
734 aa  318  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.08 
 
 
769 aa  317  7e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  43.78 
 
 
646 aa  316  9e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.95 
 
 
807 aa  316  9e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.85 
 
 
625 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  45.55 
 
 
416 aa  314  3.9999999999999997e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.73 
 
 
1215 aa  314  4.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.04 
 
 
762 aa  311  2.9999999999999997e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  42.31 
 
 
676 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.34 
 
 
957 aa  310  9e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.19 
 
 
999 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  44.33 
 
 
733 aa  309  1.0000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.77 
 
 
1095 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  38.28 
 
 
541 aa  308  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
752 aa  307  6e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  45.15 
 
 
743 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  42.89 
 
 
673 aa  306  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 
589 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 
589 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.54 
 
 
864 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.9 
 
 
1086 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.25 
 
 
827 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.76 
 
 
589 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.96 
 
 
753 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.9 
 
 
732 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  44.04 
 
 
611 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.31 
 
 
1089 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  44.04 
 
 
611 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 
588 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  44.04 
 
 
611 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.93 
 
 
766 aa  303  6.000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.65 
 
 
845 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.91 
 
 
1092 aa  303  9e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.54 
 
 
589 aa  303  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  37.3 
 
 
541 aa  302  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  37.3 
 
 
541 aa  302  1e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.48 
 
 
1106 aa  301  2e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  43.78 
 
 
611 aa  302  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.12 
 
 
890 aa  301  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.99 
 
 
532 aa  302  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.56 
 
 
889 aa  302  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  43.78 
 
 
611 aa  302  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  43.78 
 
 
611 aa  302  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>