More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0586 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.51 
 
 
933 aa  670    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
913 aa  1828    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0035  multi-sensor hybrid histidine kinase  65.79 
 
 
921 aa  1092    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233169  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.64 
 
 
926 aa  676    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.05 
 
 
926 aa  717    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  63.48 
 
 
909 aa  1066    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  43.53 
 
 
936 aa  701    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  50.28 
 
 
754 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.49 
 
 
936 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  48.6 
 
 
761 aa  469  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  59.28 
 
 
529 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  60.61 
 
 
490 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.67 
 
 
1076 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.67 
 
 
1053 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.33 
 
 
1105 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.16 
 
 
1193 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.52 
 
 
1050 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  54.38 
 
 
618 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.61 
 
 
743 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  51.24 
 
 
1651 aa  378  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.62 
 
 
740 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.5 
 
 
1646 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.56 
 
 
655 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.64 
 
 
1631 aa  372  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.13 
 
 
966 aa  372  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.29 
 
 
741 aa  368  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  50.26 
 
 
1036 aa  369  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.17 
 
 
905 aa  358  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  42.58 
 
 
726 aa  357  6.999999999999999e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.95 
 
 
810 aa  357  6.999999999999999e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  41.86 
 
 
812 aa  355  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49 
 
 
673 aa  354  4e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.12 
 
 
789 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.12 
 
 
789 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.1 
 
 
943 aa  353  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  47.47 
 
 
949 aa  352  2e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.89 
 
 
789 aa  351  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.26 
 
 
949 aa  352  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.5 
 
 
781 aa  349  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.85 
 
 
1036 aa  347  7e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.78 
 
 
807 aa  345  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  46.45 
 
 
1065 aa  342  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  47.22 
 
 
573 aa  342  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.29 
 
 
812 aa  340  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  48.21 
 
 
532 aa  340  7e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.21 
 
 
548 aa  340  9e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.83 
 
 
782 aa  340  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.81 
 
 
727 aa  339  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.9 
 
 
814 aa  339  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  47.34 
 
 
571 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.68 
 
 
727 aa  338  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.19 
 
 
1065 aa  336  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.47 
 
 
916 aa  335  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.4 
 
 
492 aa  333  6e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
818 aa  333  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  42.55 
 
 
847 aa  332  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.53 
 
 
1089 aa  331  3e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  48.56 
 
 
416 aa  332  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.19 
 
 
1050 aa  331  4e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  40.99 
 
 
1092 aa  331  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.44 
 
 
1095 aa  330  6e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.72 
 
 
1381 aa  330  9e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.65 
 
 
977 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.68 
 
 
1086 aa  329  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.82 
 
 
1103 aa  329  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.58 
 
 
957 aa  328  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.03 
 
 
962 aa  328  3e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  40.95 
 
 
692 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.26 
 
 
573 aa  328  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.7 
 
 
999 aa  327  5e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  43.63 
 
 
537 aa  327  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.96 
 
 
762 aa  327  8.000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.75 
 
 
890 aa  326  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.38 
 
 
887 aa  326  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.94 
 
 
734 aa  326  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.84 
 
 
1092 aa  326  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.94 
 
 
858 aa  326  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.51 
 
 
589 aa  325  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.51 
 
 
589 aa  324  4e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  40 
 
 
646 aa  323  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.08 
 
 
1106 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  41.63 
 
 
1086 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.8 
 
 
732 aa  322  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.45 
 
 
686 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  39.68 
 
 
646 aa  321  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  44.9 
 
 
766 aa  321  3.9999999999999996e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.97 
 
 
1215 aa  320  7.999999999999999e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 
859 aa  318  2e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.32 
 
 
622 aa  318  3e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  47.45 
 
 
743 aa  318  4e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.6 
 
 
695 aa  317  4e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  45.43 
 
 
611 aa  317  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  45.43 
 
 
611 aa  317  5e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  45.43 
 
 
611 aa  317  8e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.5 
 
 
807 aa  317  9e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  40.17 
 
 
676 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.53 
 
 
632 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  38.81 
 
 
939 aa  315  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  45.17 
 
 
611 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  45.17 
 
 
611 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>