More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0880 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  61.11 
 
 
541 aa  674    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  60.97 
 
 
541 aa  672    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  61.11 
 
 
541 aa  674    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  62.89 
 
 
544 aa  664    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  65.83 
 
 
539 aa  704    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  100 
 
 
534 aa  1085    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  57.5 
 
 
533 aa  627  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  58.43 
 
 
533 aa  618  1e-176  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  58.5 
 
 
533 aa  619  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  59.63 
 
 
531 aa  610  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  56.4 
 
 
534 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  56.77 
 
 
534 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  56.19 
 
 
507 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  53.01 
 
 
544 aa  568  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.67 
 
 
559 aa  450  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.51 
 
 
810 aa  331  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.21 
 
 
1050 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.04 
 
 
1053 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.5 
 
 
673 aa  327  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.83 
 
 
1105 aa  326  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.38 
 
 
807 aa  325  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.85 
 
 
743 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.99 
 
 
781 aa  324  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.9 
 
 
727 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.2 
 
 
1260 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 
789 aa  319  7e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 
789 aa  319  7e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.2 
 
 
789 aa  318  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.8 
 
 
1076 aa  316  6e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.42 
 
 
966 aa  315  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 
1165 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.88 
 
 
695 aa  312  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  38.62 
 
 
1065 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.63 
 
 
1036 aa  311  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.22 
 
 
1036 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  38.7 
 
 
695 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.86 
 
 
712 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.33 
 
 
1260 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.41 
 
 
727 aa  309  9e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  41.84 
 
 
622 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  38.82 
 
 
676 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  44.67 
 
 
571 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.19 
 
 
957 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  46.68 
 
 
490 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.84 
 
 
622 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.25 
 
 
889 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.06 
 
 
622 aa  307  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.45 
 
 
492 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
1022 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.6 
 
 
769 aa  306  7e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.52 
 
 
683 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 
1065 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 
922 aa  304  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 
859 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.62 
 
 
999 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.59 
 
 
812 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  42.79 
 
 
936 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.99 
 
 
1089 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.64 
 
 
887 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.94 
 
 
532 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 
1095 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 
782 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 
943 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.79 
 
 
557 aa  303  7.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  45.05 
 
 
1651 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 
573 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  38.82 
 
 
733 aa  302  8.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.22 
 
 
853 aa  302  9e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  38.6 
 
 
692 aa  301  1e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  40.08 
 
 
812 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.41 
 
 
1132 aa  302  1e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.01 
 
 
1092 aa  302  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.7 
 
 
732 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.23 
 
 
681 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.62 
 
 
1646 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  44.53 
 
 
1086 aa  300  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.22 
 
 
740 aa  301  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.52 
 
 
1381 aa  300  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.12 
 
 
682 aa  301  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  45.2 
 
 
743 aa  300  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.42 
 
 
890 aa  300  4e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.96 
 
 
508 aa  300  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.23 
 
 
1050 aa  300  5e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.54 
 
 
754 aa  300  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.59 
 
 
1086 aa  299  8e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.22 
 
 
916 aa  298  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.58 
 
 
814 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.99 
 
 
830 aa  298  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.44 
 
 
807 aa  298  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  45.97 
 
 
529 aa  298  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.81 
 
 
662 aa  298  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.53 
 
 
734 aa  297  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  40.55 
 
 
537 aa  297  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.25 
 
 
1631 aa  297  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.65 
 
 
936 aa  296  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.97 
 
 
741 aa  296  5e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.46 
 
 
905 aa  296  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  41.98 
 
 
681 aa  296  6e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 
949 aa  296  8e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.4 
 
 
650 aa  296  9e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>