More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2152 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
670 aa  1338    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 
650 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4419  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.11 
 
 
654 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.386835 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.82 
 
 
1132 aa  356  8.999999999999999e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 
962 aa  347  5e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.7 
 
 
657 aa  339  9.999999999999999e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 
641 aa  338  1.9999999999999998e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.01 
 
 
637 aa  334  3e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
668 aa  327  4.0000000000000003e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 
557 aa  323  5e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.35 
 
 
769 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.36 
 
 
1106 aa  306  6e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 
1079 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 
1102 aa  302  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.28 
 
 
551 aa  301  2e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
949 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 
1134 aa  301  2e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.96 
 
 
845 aa  301  3e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 
773 aa  300  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 
773 aa  300  7e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 
753 aa  299  9e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4039  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.48 
 
 
1039 aa  298  1e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  35.69 
 
 
949 aa  298  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
639 aa  298  3e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.01 
 
 
752 aa  296  9e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 
777 aa  296  9e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 
819 aa  295  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.5 
 
 
946 aa  295  2e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.83 
 
 
1176 aa  293  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.09 
 
 
983 aa  292  1e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
774 aa  291  2e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 
711 aa  291  3e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.89 
 
 
1180 aa  291  3e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 
822 aa  291  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.73 
 
 
647 aa  291  3e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 
789 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 
849 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  37.43 
 
 
733 aa  290  5.0000000000000004e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  40.76 
 
 
824 aa  290  6e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
692 aa  289  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 
1113 aa  289  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
789 aa  289  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
789 aa  289  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.46 
 
 
796 aa  288  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 
943 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.87 
 
 
845 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.41 
 
 
823 aa  287  5e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3671  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 
1034 aa  285  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.49 
 
 
692 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.38 
 
 
546 aa  285  3.0000000000000004e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00154548  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  42.09 
 
 
1561 aa  284  4.0000000000000003e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.5 
 
 
807 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
853 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.49 
 
 
766 aa  283  7.000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  33.52 
 
 
1112 aa  283  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.19 
 
 
641 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 
660 aa  281  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.6 
 
 
817 aa  281  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
885 aa  282  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
1260 aa  280  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.58 
 
 
1260 aa  280  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0520  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.19 
 
 
751 aa  281  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.69 
 
 
796 aa  281  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
1108 aa  280  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 
662 aa  280  5e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 
651 aa  280  5e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 
859 aa  280  5e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 
653 aa  280  7e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.47 
 
 
664 aa  280  9e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 
1051 aa  279  1e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
810 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  38.24 
 
 
749 aa  278  3e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1243  histidine kinase  39.95 
 
 
654 aa  276  6e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0706231 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  35.87 
 
 
1015 aa  276  8e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.53 
 
 
926 aa  276  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 
828 aa  275  2.0000000000000002e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.15 
 
 
1013 aa  274  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
1148 aa  274  3e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.93 
 
 
955 aa  275  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 
880 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 
1067 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.64 
 
 
1105 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.3 
 
 
857 aa  274  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.61 
 
 
660 aa  273  9e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
781 aa  272  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
1076 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.05 
 
 
955 aa  272  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 
1115 aa  271  2e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.97 
 
 
677 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.25 
 
 
774 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  44.2 
 
 
933 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37 
 
 
743 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  38.16 
 
 
892 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 
953 aa  270  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
766 aa  271  4e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.36 
 
 
663 aa  270  5e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  38.77 
 
 
945 aa  270  8.999999999999999e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.15 
 
 
925 aa  269  1e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  38.33 
 
 
544 aa  268  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.42 
 
 
926 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>