More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1870 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  100 
 
 		 691 aa  1407    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  91.01 
 
 		 691 aa  1285    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.7 
 
 		 689 aa  791    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.97 
 
 		 977 aa  579  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.11 
 
 		 1086 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.37 
 
 		 1092 aa  526  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  46.07 
 
 		 1086 aa  523  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.3 
 
 		 957 aa  521  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.22 
 
 		 1089 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.71 
 
 		 845 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.45 
 
 		 812 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.7 
 
 		 1381 aa  509  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.81 
 
 		 999 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.55 
 
 		 686 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.07 
 
 		 814 aa  495  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.91 
 
 		 1050 aa  489  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  54.25 
 
 		 847 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.72 
 
 		 858 aa  485  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.4 
 
 		 916 aa  482  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.74 
 
 		 492 aa  483  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.89 
 
 		 1095 aa  484  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  63.23 
 
 		 695 aa  481  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.93 
 
 		 998 aa  478  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  44.28 
 
 		 646 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.61 
 
 		 830 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.62 
 
 		 890 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  43.96 
 
 		 646 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  56.87 
 
 		 827 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.42 
 
 		 889 aa  469  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  57.11 
 
 		 956 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.46 
 
 		 573 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.05 
 
 		 1103 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  59.84 
 
 		 537 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  46.05 
 
 		 1092 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  44.24 
 
 		 692 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  55.29 
 
 		 772 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.16 
 
 		 1022 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 1165 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.98 
 
 		 1065 aa  442  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  41.82 
 
 		 1065 aa  444  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  53.35 
 
 		 556 aa  439  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 728 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.92 
 
 		 845 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  44.04 
 
 		 695 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  44.57 
 
 		 695 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  46.07 
 
 		 676 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  45.8 
 
 		 676 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.87 
 
 		 979 aa  402  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 		 941 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 		 922 aa  394  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.5 
 
 		 1215 aa  391  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.8 
 
 		 827 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  51.16 
 
 		 754 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  40.6 
 
 		 939 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.03 
 
 		 943 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.73 
 
 		 1225 aa  372  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.19 
 
 		 688 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  51.44 
 
 		 1225 aa  371  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  47.8 
 
 		 558 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.83 
 
 		 864 aa  360  4e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.95 
 
 		 806 aa  358  2.9999999999999997e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  47.69 
 
 		 556 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 		 949 aa  353  5e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 		 688 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  37.05 
 
 		 949 aa  351  3e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 762 aa  348  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  46.94 
 
 		 416 aa  348  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.99 
 
 		 708 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.83 
 
 		 688 aa  347  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.99 
 
 		 762 aa  345  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 966 aa  343  9e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.12 
 
 		 691 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.89 
 
 		 689 aa  342  2e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.26 
 
 		 553 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.52 
 
 		 551 aa  340  7e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  42.96 
 
 		 571 aa  339  9e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.05 
 
 		 1036 aa  338  9.999999999999999e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.14 
 
 		 622 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.62 
 
 		 589 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.1 
 
 		 1013 aa  336  7e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.83 
 
 		 905 aa  336  7.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.93 
 
 		 553 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 		 589 aa  335  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 		 1224 aa  335  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.46 
 
 		 1036 aa  335  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  43.05 
 
 		 538 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.15 
 
 		 647 aa  332  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.66 
 
 		 732 aa  332  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 		 943 aa  330  7e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.1 
 
 		 727 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  45.3 
 
 		 538 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 		 1011 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  41.04 
 
 		 611 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.13 
 
 		 688 aa  327  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  41.04 
 
 		 611 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.97 
 
 		 887 aa  326  8.000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  43.83 
 
 		 611 aa  326  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.83 
 
 		 740 aa  326  8.000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  40.82 
 
 		 611 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.74 
 
 		 548 aa  326  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>