More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3696 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  100 
 
 
827 aa  1681    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  90.85 
 
 
956 aa  1489    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  73.85 
 
 
998 aa  1245    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  63.46 
 
 
847 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  63.69 
 
 
858 aa  888    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  64.76 
 
 
686 aa  895    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.1 
 
 
830 aa  881    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.23 
 
 
1092 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  47.1 
 
 
1086 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  69.58 
 
 
890 aa  593  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  71.5 
 
 
999 aa  590  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  48.53 
 
 
646 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.32 
 
 
1050 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  72.18 
 
 
1095 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  65.78 
 
 
1086 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.22 
 
 
977 aa  559  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  47.72 
 
 
646 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.27 
 
 
1103 aa  560  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  70.71 
 
 
1381 aa  559  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  46.27 
 
 
1092 aa  560  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.44 
 
 
1089 aa  558  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.66 
 
 
916 aa  547  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  71.13 
 
 
537 aa  546  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  70.62 
 
 
692 aa  543  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  71.13 
 
 
573 aa  543  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  68.17 
 
 
695 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.5 
 
 
492 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  66.27 
 
 
772 aa  532  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.86 
 
 
957 aa  531  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.48 
 
 
889 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.23 
 
 
1022 aa  503  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  66.67 
 
 
845 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.09 
 
 
812 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  56.87 
 
 
691 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  57.14 
 
 
691 aa  485  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.2 
 
 
814 aa  483  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  47.58 
 
 
676 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  44.57 
 
 
1065 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.89 
 
 
1065 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  46.96 
 
 
676 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  51.1 
 
 
695 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  48.58 
 
 
695 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  56.28 
 
 
556 aa  454  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.46 
 
 
1165 aa  451  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.21 
 
 
728 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.2 
 
 
689 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 
941 aa  434  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 
845 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.21 
 
 
691 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.84 
 
 
1215 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 
688 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  54.43 
 
 
754 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.21 
 
 
864 aa  414  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 
922 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.82 
 
 
979 aa  412  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.31 
 
 
708 aa  405  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.6 
 
 
887 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  54.92 
 
 
1225 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  53.27 
 
 
556 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.81 
 
 
1225 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
827 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  54.5 
 
 
939 aa  392  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
943 aa  389  1e-106  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 
966 aa  386  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  50.86 
 
 
558 aa  384  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 
703 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.89 
 
 
548 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  45 
 
 
573 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.49 
 
 
943 aa  369  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.86 
 
 
688 aa  366  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.51 
 
 
625 aa  364  3e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  40.92 
 
 
1036 aa  364  3e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.61 
 
 
688 aa  363  8e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.34 
 
 
905 aa  362  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  47.45 
 
 
416 aa  362  1e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.87 
 
 
789 aa  361  3e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.87 
 
 
789 aa  361  3e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.53 
 
 
622 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.12 
 
 
727 aa  358  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
949 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  45.48 
 
 
571 aa  357  5e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.25 
 
 
689 aa  356  7.999999999999999e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.51 
 
 
553 aa  356  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.67 
 
 
727 aa  355  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
1134 aa  355  2e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.5 
 
 
1067 aa  355  2e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.76 
 
 
553 aa  353  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.71 
 
 
762 aa  353  8e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.77 
 
 
789 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.97 
 
 
688 aa  351  2e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 
721 aa  351  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
807 aa  351  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  34.28 
 
 
949 aa  350  6e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
964 aa  348  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  49.24 
 
 
701 aa  348  3e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  49.36 
 
 
701 aa  345  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.83 
 
 
782 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.7 
 
 
818 aa  343  8e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.84 
 
 
732 aa  342  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  43.82 
 
 
611 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>