More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2378 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  72.6 
 
 		 553 aa  788    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 551 aa  1118    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  72.6 
 
 		 553 aa  784    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 688 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.43 
 
 		 688 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.67 
 
 		 688 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  46.3 
 
 		 646 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.49 
 
 		 691 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  45.34 
 
 		 646 aa  435  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.33 
 
 		 1089 aa  360  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.62 
 
 		 1022 aa  355  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.74 
 
 		 999 aa  350  3e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.71 
 
 		 1165 aa  344  2e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  47.57 
 
 		 695 aa  341  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.84 
 
 		 889 aa  341  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  39.52 
 
 		 691 aa  340  5e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.01 
 
 		 1050 aa  340  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  39.92 
 
 		 691 aa  339  7e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.52 
 
 		 492 aa  339  7e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.63 
 
 		 1086 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  47.38 
 
 		 1086 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.38 
 
 		 1381 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.38 
 
 		 1092 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.01 
 
 		 957 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.93 
 
 		 916 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  45.89 
 
 		 695 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.21 
 
 		 772 aa  335  9e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.62 
 
 		 890 aa  335  2e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.64 
 
 		 695 aa  334  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.13 
 
 		 728 aa  334  3e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.29 
 
 		 686 aa  333  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.13 
 
 		 998 aa  332  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 		 943 aa  330  4e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.01 
 
 		 1095 aa  329  7e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  45.17 
 
 		 537 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  44.75 
 
 		 847 aa  325  9e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  44.93 
 
 		 692 aa  325  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.52 
 
 		 858 aa  325  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.48 
 
 		 573 aa  325  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.76 
 
 		 845 aa  325  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.87 
 
 		 979 aa  323  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  46.17 
 
 		 956 aa  323  7e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  45.59 
 
 		 827 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.04 
 
 		 830 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.86 
 
 		 977 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.43 
 
 		 941 aa  320  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  46.68 
 
 		 1092 aa  317  4e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.57 
 
 		 827 aa  317  4e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 		 1164 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.44 
 
 		 1103 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  40.04 
 
 		 556 aa  314  2.9999999999999996e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.03 
 
 		 689 aa  313  6.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  38.65 
 
 		 1164 aa  312  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.97 
 
 		 754 aa  309  6.999999999999999e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.14 
 
 		 812 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  43.14 
 
 		 676 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 		 689 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.59 
 
 		 814 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 1065 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.17 
 
 		 922 aa  300  4e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  42.11 
 
 		 1065 aa  300  5e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 		 1215 aa  300  5e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 		 845 aa  297  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  44.47 
 
 		 571 aa  297  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  44.33 
 
 		 558 aa  294  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.89 
 
 		 762 aa  294  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  43.11 
 
 		 676 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.65 
 
 		 742 aa  293  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 		 789 aa  289  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 		 789 aa  289  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.09 
 
 		 964 aa  289  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 		 789 aa  288  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  42.96 
 
 		 939 aa  286  7e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.25 
 
 		 782 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.25 
 
 		 807 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  44 
 
 		 864 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  44.22 
 
 		 416 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.55 
 
 		 568 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.08 
 
 		 688 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  44.33 
 
 		 743 aa  283  8.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 		 1631 aa  280  5e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 		 814 aa  280  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  39.83 
 
 		 949 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.6 
 
 		 1225 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 		 762 aa  278  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.28 
 
 		 740 aa  278  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.29 
 
 		 927 aa  278  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 		 949 aa  277  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.21 
 
 		 951 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.8 
 
 		 622 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.14 
 
 		 1646 aa  273  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 		 1651 aa  273  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.79 
 
 		 943 aa  273  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.28 
 
 		 741 aa  272  9e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  39.86 
 
 		 726 aa  272  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  42.72 
 
 		 1225 aa  272  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0247  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 		 640 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0678153 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.88 
 
 		 532 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.57 
 
 		 708 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 		 826 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>