More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2228 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  97.97 
 
 		 688 aa  1340    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  54.81 
 
 		 646 aa  705    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  54.14 
 
 		 646 aa  697    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 688 aa  1388    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  67.69 
 
 		 691 aa  923    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  86.03 
 
 		 688 aa  1203    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.56 
 
 		 830 aa  536  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.56 
 
 		 686 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.58 
 
 		 553 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.61 
 
 		 553 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.43 
 
 		 551 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.96 
 
 		 999 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.91 
 
 		 1022 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 		 1089 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  44 
 
 		 1381 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.72 
 
 		 1165 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.88 
 
 		 957 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.36 
 
 		 1050 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.24 
 
 		 1092 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  52.48 
 
 		 1086 aa  398  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.48 
 
 		 889 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  52.23 
 
 		 695 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.65 
 
 		 858 aa  395  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.52 
 
 		 1086 aa  395  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.08 
 
 		 916 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.35 
 
 		 492 aa  388  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.66 
 
 		 1095 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  49.75 
 
 		 847 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52 
 
 		 998 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  38.2 
 
 		 1065 aa  385  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53 
 
 		 977 aa  383  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  50.62 
 
 		 692 aa  383  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.22 
 
 		 695 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  50.37 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.37 
 
 		 573 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.28 
 
 		 890 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.64 
 
 		 785 aa  382  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.75 
 
 		 1065 aa  376  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  51.28 
 
 		 772 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  51.13 
 
 		 695 aa  379  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  52.22 
 
 		 1092 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.22 
 
 		 1103 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  39.61 
 
 		 783 aa  376  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 		 783 aa  376  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  51.79 
 
 		 956 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.27 
 
 		 845 aa  371  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.88 
 
 		 827 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  48.86 
 
 		 827 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.88 
 
 		 941 aa  365  2e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  51.81 
 
 		 754 aa  363  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  46.3 
 
 		 691 aa  362  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  46.06 
 
 		 691 aa  355  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 728 aa  355  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.48 
 
 		 845 aa  353  5e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  48.97 
 
 		 556 aa  351  2e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  40.17 
 
 		 676 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.01 
 
 		 812 aa  350  7e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.25 
 
 		 864 aa  348  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.35 
 
 		 814 aa  347  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.5 
 
 		 943 aa  344  2e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  39.53 
 
 		 676 aa  343  8e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.9 
 
 		 979 aa  340  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 1164 aa  340  4e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  39.45 
 
 		 1164 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.61 
 
 		 922 aa  338  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.97 
 
 		 1215 aa  336  9e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  48.15 
 
 		 939 aa  335  1e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.93 
 
 		 689 aa  335  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.32 
 
 		 762 aa  334  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 		 742 aa  331  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.62 
 
 		 1225 aa  325  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  48.34 
 
 		 1225 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 		 789 aa  317  6e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 		 789 aa  317  6e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 		 1631 aa  316  9e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  44.47 
 
 		 573 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 966 aa  316  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 781 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  48.74 
 
 		 556 aa  312  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 782 aa  312  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 826 aa  313  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.07 
 
 		 689 aa  310  5.9999999999999995e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 		 789 aa  309  9e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 		 807 aa  308  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.47 
 
 		 814 aa  308  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.21 
 
 		 548 aa  308  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 1014 aa  306  8.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.02 
 
 		 740 aa  306  9.000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.19 
 
 		 741 aa  304  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 		 1651 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 		 1134 aa  302  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  43.15 
 
 		 1036 aa  302  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 764 aa  302  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.84 
 
 		 688 aa  301  3e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.14 
 
 		 905 aa  300  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 		 1646 aa  301  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.5 
 
 		 568 aa  300  4e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  45.86 
 
 		 558 aa  300  5e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 		 1036 aa  297  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  43.78 
 
 		 571 aa  297  5e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>