More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0560 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 821 aa  1667    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  68.58 
 
 		 795 aa  1106    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  66.5 
 
 		 822 aa  1066    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.28 
 
 		 944 aa  570  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.29 
 
 		 1057 aa  559  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.42 
 
 		 1426 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  51.67 
 
 		 1427 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.91 
 
 		 1059 aa  544  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.87 
 
 		 1011 aa  535  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.94 
 
 		 1415 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.79 
 
 		 814 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  51.5 
 
 		 1299 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.71 
 
 		 764 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.77 
 
 		 826 aa  504  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.02 
 
 		 809 aa  490  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.08 
 
 		 1014 aa  492  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.97 
 
 		 1224 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.34 
 
 		 742 aa  476  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.29 
 
 		 899 aa  478  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.56 
 
 		 943 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.48 
 
 		 703 aa  465  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.55 
 
 		 946 aa  465  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.73 
 
 		 1076 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.11 
 
 		 888 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.53 
 
 		 584 aa  456  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.55 
 
 		 585 aa  452  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.76 
 
 		 783 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.84 
 
 		 837 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  58.76 
 
 		 783 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.84 
 
 		 785 aa  444  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.48 
 
 		 941 aa  444  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.33 
 
 		 942 aa  444  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  59.28 
 
 		 587 aa  445  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.28 
 
 		 587 aa  446  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.16 
 
 		 946 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.3 
 
 		 581 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  58.75 
 
 		 638 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  57.39 
 
 		 722 aa  438  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  58.51 
 
 		 632 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  37.92 
 
 		 939 aa  430  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  55.21 
 
 		 684 aa  430  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.45 
 
 		 684 aa  429  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0508  histidine kinase  59.03 
 
 		 632 aa  429  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4196  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  58.16 
 
 		 693 aa  429  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.92 
 
 		 812 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  59.16 
 
 		 736 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  58.03 
 
 		 720 aa  414  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  53 
 
 		 732 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  53.16 
 
 		 727 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  55.81 
 
 		 716 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  52.89 
 
 		 727 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3794  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  55.9 
 
 		 708 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.475023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  53.12 
 
 		 727 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0855  GAF sensor hybrid histidine kinase  56.59 
 
 		 776 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  41.71 
 
 		 793 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  41.98 
 
 		 796 aa  389  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.74 
 
 		 1165 aa  349  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  34.78 
 
 		 1065 aa  331  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 1065 aa  330  7e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 		 630 aa  320  9e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 		 1103 aa  316  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  31.46 
 
 		 1092 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 		 1432 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 957 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.7 
 
 		 1092 aa  302  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 		 1089 aa  301  4e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 		 927 aa  300  9e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 		 1086 aa  299  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  31.57 
 
 		 1086 aa  299  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.9 
 
 		 1076 aa  296  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.79 
 
 		 1013 aa  295  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.84 
 
 		 966 aa  293  9e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.82 
 
 		 943 aa  292  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.86 
 
 		 673 aa  291  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.69 
 
 		 823 aa  290  5.0000000000000004e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0349  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.15 
 
 		 722 aa  290  6e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.081308  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.49 
 
 		 1036 aa  289  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.6 
 
 		 810 aa  288  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  37.26 
 
 		 1164 aa  288  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.2 
 
 		 1164 aa  287  5e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.73 
 
 		 1148 aa  286  7e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  42.32 
 
 		 1036 aa  286  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.93 
 
 		 1651 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.9 
 
 		 1631 aa  285  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.64 
 
 		 682 aa  284  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.18 
 
 		 905 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.48 
 
 		 926 aa  284  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 		 575 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 		 1646 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.85 
 
 		 1079 aa  283  9e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 		 1105 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  41.15 
 
 		 571 aa  283  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 806 aa  282  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.38 
 
 		 1132 aa  281  2e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.46 
 
 		 916 aa  281  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.91 
 
 		 933 aa  281  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.23 
 
 		 712 aa  281  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.18 
 
 		 1053 aa  280  9e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.68 
 
 		 859 aa  279  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 936 aa  279  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>