More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2872 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.34 
 
 		 963 aa  761    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.49 
 
 		 975 aa  872    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 978 aa  2013    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.46 
 
 		 1301 aa  357  5.999999999999999e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.39 
 
 		 979 aa  352  2e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 		 1140 aa  326  2e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.33 
 
 		 1358 aa  318  3e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117306 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 		 1131 aa  310  6.999999999999999e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5118  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.51 
 
 		 837 aa  304  6.000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.657918 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  33.9 
 
 		 816 aa  303  7.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  30.15 
 
 		 1299 aa  303  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  33.9 
 
 		 816 aa  303  1e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.39 
 
 		 1118 aa  295  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 		 1287 aa  294  5e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 		 1153 aa  290  8e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.5 
 
 		 1559 aa  265  4e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 		 1426 aa  263  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 1048 aa  263  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 		 1406 aa  258  5e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  36.12 
 
 		 1366 aa  257  9e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  32.45 
 
 		 1427 aa  254  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 		 1010 aa  254  7e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.95 
 
 		 1431 aa  253  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  31.16 
 
 		 1202 aa  251  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.16 
 
 		 1514 aa  250  8e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.72 
 
 		 1514 aa  250  9e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  33.73 
 
 		 1306 aa  249  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 		 1385 aa  249  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 		 1711 aa  246  9.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.98 
 
 		 1361 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  34.37 
 
 		 1152 aa  239  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 1013 aa  239  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.79 
 
 		 1002 aa  238  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.04 
 
 		 1390 aa  238  4e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 1383 aa  237  6e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2338  GAF sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  34.66 
 
 		 1180 aa  236  2.0000000000000002e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0263037  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1415 aa  235  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.11 
 
 		 1390 aa  235  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.11 
 
 		 1390 aa  235  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 		 1370 aa  233  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  32.37 
 
 		 1378 aa  232  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  36.46 
 
 		 1845 aa  231  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  35.36 
 
 		 1400 aa  231  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  35.47 
 
 		 1833 aa  229  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  34.88 
 
 		 1343 aa  229  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2239  adenylate/guanylate cyclase  33.57 
 
 		 1156 aa  228  4e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  33.1 
 
 		 1374 aa  228  4e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  33.42 
 
 		 1335 aa  228  6e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1651 aa  228  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  33.71 
 
 		 1311 aa  226  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.22 
 
 		 1248 aa  224  4.9999999999999996e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  32.4 
 
 		 1384 aa  224  4.9999999999999996e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  35.06 
 
 		 1373 aa  223  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 		 1631 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  34.94 
 
 		 1298 aa  223  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  33.79 
 
 		 904 aa  221  6e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 		 1383 aa  220  8.999999999999998e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  32.28 
 
 		 1366 aa  220  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  32.88 
 
 		 1418 aa  219  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  31.48 
 
 		 1347 aa  218  2.9999999999999998e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2904  histidine kinase  31.67 
 
 		 876 aa  218  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0209815 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3155  adenylate/guanylate cyclase  34.72 
 
 		 1172 aa  216  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.386213  hitchhiker  0.00095291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  31.66 
 
 		 1355 aa  216  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  31.47 
 
 		 1378 aa  214  9e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  30.19 
 
 		 1344 aa  213  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 		 1646 aa  212  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  30.86 
 
 		 1370 aa  212  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  33.82 
 
 		 1363 aa  210  9e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 		 1645 aa  210  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 		 1003 aa  210  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4814  histidine kinase  31.04 
 
 		 919 aa  208  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00150972  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  32.17 
 
 		 1344 aa  206  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 677 aa  205  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  33.25 
 
 		 663 aa  204  9e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 1349 aa  202  3e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 		 553 aa  202  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  31.64 
 
 		 1373 aa  201  6e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 		 748 aa  200  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  31.22 
 
 		 934 aa  199  3e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  32.27 
 
 		 1355 aa  197  8.000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  29.59 
 
 		 1340 aa  197  8.000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.23 
 
 		 1051 aa  197  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 1341 aa  196  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02240  protein-histidine kinase, putative  25.4 
 
 		 1816 aa  194  5e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  32.93 
 
 		 1388 aa  192  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 495 aa  192  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 		 632 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 		 632 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 		 632 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  31.79 
 
 		 993 aa  191  5.999999999999999e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  28.46 
 
 		 1046 aa  191  5.999999999999999e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  32.65 
 
 		 1404 aa  191  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 		 666 aa  191  8e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 		 680 aa  190  9e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  31.64 
 
 		 1837 aa  190  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 657 aa  189  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  30.12 
 
 		 1327 aa  189  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  29.75 
 
 		 1374 aa  189  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3061  ATP-binding region ATPase domain protein  31.13 
 
 		 863 aa  189  3e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.141845  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2208  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.6 
 
 		 823 aa  188  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>