More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3384 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  67.97 
 
 
893 aa  1233    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  73.39 
 
 
900 aa  1348    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
898 aa  1798    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  73.63 
 
 
901 aa  1348    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  68.93 
 
 
885 aa  1249    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  72.13 
 
 
900 aa  1313    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  71.07 
 
 
893 aa  1282    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  57.49 
 
 
662 aa  337  5.999999999999999e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  57.55 
 
 
692 aa  332  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  57.64 
 
 
663 aa  330  8e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  57.19 
 
 
670 aa  327  9e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.56 
 
 
693 aa  325  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  56.12 
 
 
690 aa  323  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  55.4 
 
 
667 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  53.65 
 
 
708 aa  311  2e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
914 aa  278  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
936 aa  268  4e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.9 
 
 
805 aa  257  7e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  41.61 
 
 
657 aa  241  5.999999999999999e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37 
 
 
550 aa  238  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.99 
 
 
762 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  43.32 
 
 
471 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.65 
 
 
506 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  42.6 
 
 
471 aa  231  5e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  39.55 
 
 
529 aa  229  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.3 
 
 
781 aa  229  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  43.73 
 
 
757 aa  228  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  43.39 
 
 
757 aa  227  7e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.96 
 
 
779 aa  227  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  39.86 
 
 
544 aa  227  9e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  42.6 
 
 
473 aa  225  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.05 
 
 
833 aa  222  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  39.33 
 
 
560 aa  221  3.9999999999999997e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.86 
 
 
962 aa  221  5e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 
453 aa  220  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.96 
 
 
453 aa  220  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 
453 aa  220  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.67 
 
 
1226 aa  219  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.96 
 
 
453 aa  218  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  40.44 
 
 
483 aa  218  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  43.46 
 
 
453 aa  217  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  40.43 
 
 
632 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.09 
 
 
410 aa  216  1.9999999999999998e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
1242 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  44.4 
 
 
778 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.95 
 
 
1237 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 
632 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
449 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  40.07 
 
 
632 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.96 
 
 
453 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.96 
 
 
453 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 
632 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  39.85 
 
 
508 aa  213  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
499 aa  213  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.34 
 
 
632 aa  211  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.91 
 
 
466 aa  211  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  39.15 
 
 
950 aa  211  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.22 
 
 
453 aa  210  8e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
789 aa  209  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.52 
 
 
773 aa  207  8e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  38.89 
 
 
1250 aa  206  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.59 
 
 
729 aa  202  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  36.45 
 
 
648 aa  200  7.999999999999999e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
427 aa  193  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
638 aa  189  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  39.23 
 
 
454 aa  189  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  40.82 
 
 
625 aa  187  5e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  36.22 
 
 
450 aa  187  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  38.25 
 
 
543 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  37.92 
 
 
436 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
579 aa  183  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 
560 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.32 
 
 
699 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.34 
 
 
853 aa  179  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
575 aa  179  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  32.68 
 
 
454 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.37 
 
 
859 aa  174  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.25 
 
 
1151 aa  174  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  37.45 
 
 
612 aa  173  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  35.58 
 
 
444 aa  172  3e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.09 
 
 
744 aa  172  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.48 
 
 
1121 aa  171  5e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  34.8 
 
 
580 aa  170  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  38.27 
 
 
680 aa  169  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.83 
 
 
1255 aa  169  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 
1069 aa  169  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.02 
 
 
795 aa  166  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114838  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.99 
 
 
1191 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1102  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.04 
 
 
823 aa  162  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.813916  normal  0.354207 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
1268 aa  162  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  26.95 
 
 
971 aa  161  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2731  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.24 
 
 
1007 aa  159  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.19 
 
 
1080 aa  159  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
683 aa  159  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
715 aa  157  7e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
545 aa  157  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.56 
 
 
764 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
504 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.81 
 
 
962 aa  153  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.74 
 
 
771 aa  153  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>