More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2754 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
466 aa  960    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  60.22 
 
 
453 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  60.22 
 
 
453 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  60.22 
 
 
453 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  59.78 
 
 
453 aa  568  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  60.31 
 
 
454 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  58 
 
 
453 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  57.78 
 
 
453 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  57.33 
 
 
453 aa  537  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  57.33 
 
 
453 aa  537  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  53.35 
 
 
449 aa  500  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  50.77 
 
 
450 aa  444  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  35.59 
 
 
436 aa  233  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  45.65 
 
 
893 aa  231  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.05 
 
 
893 aa  231  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  41.06 
 
 
657 aa  227  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  43.56 
 
 
950 aa  226  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.12 
 
 
670 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.22 
 
 
900 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.69 
 
 
690 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.48 
 
 
962 aa  223  8e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.01 
 
 
901 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 
900 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.11 
 
 
692 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.65 
 
 
885 aa  219  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  37.72 
 
 
454 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  43.36 
 
 
648 aa  217  4e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.61 
 
 
693 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  39.06 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  39.06 
 
 
471 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  41.86 
 
 
778 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.14 
 
 
779 aa  212  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.5 
 
 
914 aa  212  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.91 
 
 
898 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 
762 aa  210  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  40.83 
 
 
708 aa  209  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.18 
 
 
1242 aa  209  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  38.14 
 
 
667 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 
936 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  42.29 
 
 
757 aa  206  8e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  41.34 
 
 
499 aa  206  8e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.75 
 
 
662 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.23 
 
 
543 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  42.29 
 
 
757 aa  205  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 
1237 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 
506 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.18 
 
 
789 aa  201  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 
805 aa  199  9e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.03 
 
 
1226 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  37.54 
 
 
473 aa  196  9e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  41.73 
 
 
663 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  38.1 
 
 
1250 aa  194  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  38.57 
 
 
560 aa  193  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  40.88 
 
 
680 aa  192  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
781 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.2 
 
 
729 aa  190  5e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
632 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
773 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  35.64 
 
 
483 aa  188  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.25 
 
 
410 aa  186  9e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
632 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 
833 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  34.23 
 
 
544 aa  185  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 
579 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  41.57 
 
 
632 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  41.18 
 
 
632 aa  184  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  34.84 
 
 
529 aa  184  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  37.41 
 
 
508 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
632 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.92 
 
 
683 aa  177  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.25 
 
 
550 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
638 aa  167  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 
427 aa  167  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 
699 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
729 aa  166  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00567966 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
625 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  37.41 
 
 
580 aa  163  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 
545 aa  159  9e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
546 aa  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  34.81 
 
 
444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
504 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
530 aa  156  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
546 aa  156  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
543 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  35.34 
 
 
543 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
543 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 
543 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
560 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  34.66 
 
 
543 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 
543 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
548 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  34.41 
 
 
543 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 
543 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 
644 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345049  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  36.73 
 
 
612 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 
506 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
575 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  33.06 
 
 
547 aa  140  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.76 
 
 
534 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3335  histidine kinase  26.73 
 
 
464 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>