More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1964 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 427 aa  863    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  41.3 
 
 		 657 aa  241  2e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.83 
 
 		 936 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  36.9 
 
 		 950 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.38 
 
 		 962 aa  229  8e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.41 
 
 		 410 aa  219  6e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.32 
 
 		 1242 aa  217  4e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 		 1226 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 579 aa  209  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 		 499 aa  209  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.63 
 
 		 1237 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 		 833 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 		 914 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.29 
 
 		 762 aa  205  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  36.33 
 
 		 560 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 		 805 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  36.83 
 
 		 663 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 		 893 aa  199  7e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  36.88 
 
 		 508 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  35.66 
 
 		 648 aa  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  37.63 
 
 		 1250 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  39.38 
 
 		 778 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 662 aa  195  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  35.64 
 
 		 529 aa  195  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 		 670 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  39.45 
 
 		 757 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  33.87 
 
 		 471 aa  194  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  33.87 
 
 		 471 aa  194  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 		 789 aa  194  3e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.32 
 
 		 690 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 		 898 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  39.06 
 
 		 757 aa  192  8e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 		 893 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 632 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 632 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 		 693 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 900 aa  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.86 
 
 		 885 aa  187  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  40.87 
 
 		 550 aa  187  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  32.99 
 
 		 632 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  35.03 
 
 		 473 aa  186  9e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.31 
 
 		 900 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 901 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 		 632 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 		 453 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 779 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 453 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 		 506 aa  182  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  35.23 
 
 		 544 aa  182  9.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 453 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 453 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  34.52 
 
 		 453 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 		 699 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 453 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 453 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 453 aa  179  7e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 		 545 aa  179  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  36.01 
 
 		 667 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  34.6 
 
 		 632 aa  178  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 		 504 aa  177  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 		 692 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 		 449 aa  176  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 		 440 aa  176  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 		 781 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.85 
 
 		 543 aa  173  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  34.04 
 
 		 708 aa  173  5.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4136  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 440 aa  170  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000660181  hitchhiker  0.00876613 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  34.32 
 
 		 543 aa  170  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 		 437 aa  169  6e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 		 543 aa  169  7e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 		 543 aa  169  7e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.55 
 
 		 729 aa  169  8e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  34.43 
 
 		 543 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 		 466 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 		 729 aa  167  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00567966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 683 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  32.7 
 
 		 454 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  36.39 
 
 		 547 aa  166  9e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 		 546 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 		 638 aa  165  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  34.58 
 
 		 580 aa  164  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 		 773 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 		 546 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 		 407 aa  163  6e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.13 
 
 		 534 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 		 543 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  34.99 
 
 		 543 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2590  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.413696 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 543 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 530 aa  159  9e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 		 543 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.65 
 
 		 560 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  36.1 
 
 		 680 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  32.08 
 
 		 436 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  33.11 
 
 		 483 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3783  histidine kinase  32.03 
 
 		 544 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.401083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 		 625 aa  156  9e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2639  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 		 396 aa  153  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.717158 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  32.09 
 
 		 450 aa  153  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 		 431 aa  153  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>