More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4148 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  62.08 
 
 
543 aa  674    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  61.03 
 
 
543 aa  661    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  62.22 
 
 
543 aa  656    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
546 aa  1108    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  69.38 
 
 
546 aa  741    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  76.52 
 
 
545 aa  815    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.84 
 
 
543 aa  650    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.65 
 
 
548 aa  649    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  59.26 
 
 
547 aa  652    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  62.03 
 
 
543 aa  653    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.84 
 
 
543 aa  652    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  62.64 
 
 
543 aa  667    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  62.64 
 
 
543 aa  667    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  57.97 
 
 
534 aa  627  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  59.5 
 
 
530 aa  594  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2945  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 
514 aa  183  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  34.52 
 
 
950 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.03 
 
 
506 aa  178  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 
936 aa  177  6e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 
499 aa  176  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  33.95 
 
 
657 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.21 
 
 
579 aa  172  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 
962 aa  170  8e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 
662 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
453 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
453 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
453 aa  166  8e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  37.96 
 
 
436 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
914 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 
427 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
670 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  36.03 
 
 
453 aa  164  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 
729 aa  164  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
690 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  36.76 
 
 
648 aa  163  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
1237 aa  163  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.74 
 
 
453 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  33.97 
 
 
632 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 
789 aa  163  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
1242 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  35.4 
 
 
667 aa  162  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
453 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
453 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
453 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  34.15 
 
 
454 aa  160  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  36.4 
 
 
450 aa  160  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 
693 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.55 
 
 
449 aa  159  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
692 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  33.7 
 
 
560 aa  159  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  34.44 
 
 
663 aa  158  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  34.19 
 
 
471 aa  158  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  35.02 
 
 
708 aa  159  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
466 aa  159  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  31.89 
 
 
544 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  35.29 
 
 
473 aa  157  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  34.19 
 
 
471 aa  156  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
560 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
893 aa  156  9e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
805 aa  156  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 
1226 aa  156  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
762 aa  155  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  33.55 
 
 
529 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  32.88 
 
 
1250 aa  154  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  26.97 
 
 
580 aa  153  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  28.43 
 
 
508 aa  153  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.29 
 
 
422 aa  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  32.31 
 
 
757 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 
898 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  32.69 
 
 
757 aa  153  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 
504 aa  151  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  32.65 
 
 
632 aa  150  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
638 aa  149  9e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
632 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.7 
 
 
781 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
699 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
893 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 
885 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
779 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 
550 aa  147  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 
632 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 
575 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
632 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
900 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
683 aa  144  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
900 aa  144  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 
901 aa  144  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
410 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.9 
 
 
833 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  34.47 
 
 
454 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
625 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 
773 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  31.06 
 
 
680 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  31.54 
 
 
778 aa  139  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.83 
 
 
721 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 
498 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.62 
 
 
819 aa  130  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  36.33 
 
 
612 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.95 
 
 
543 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.93 
 
 
729 aa  126  8.000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00567966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>