More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3779 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  62.59 
 
 		 680 aa  824    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 683 aa  1392    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.18 
 
 		 962 aa  241  4e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 936 aa  238  3e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.37 
 
 		 579 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.45 
 
 		 914 aa  230  6e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 		 690 aa  225  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.13 
 
 		 1226 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  39.6 
 
 		 499 aa  223  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  37.72 
 
 		 560 aa  219  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  35.47 
 
 		 529 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 		 670 aa  218  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  34.23 
 
 		 544 aa  218  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  39.6 
 
 		 648 aa  217  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  37.14 
 
 		 657 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 		 453 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  35.23 
 
 		 508 aa  214  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.05 
 
 		 453 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.42 
 
 		 453 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 453 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 		 693 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  35.8 
 
 		 950 aa  209  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 		 692 aa  207  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  33.24 
 
 		 708 aa  207  7e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 		 762 aa  206  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 		 789 aa  206  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  38.91 
 
 		 1250 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  38.89 
 
 		 757 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  38.89 
 
 		 757 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  36.48 
 
 		 453 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 		 453 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.31 
 
 		 453 aa  201  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.31 
 
 		 453 aa  201  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  32.51 
 
 		 663 aa  200  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 		 1237 aa  200  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 632 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  40 
 
 		 632 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 		 1242 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 632 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 		 805 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 632 aa  196  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  33.61 
 
 		 667 aa  195  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 662 aa  195  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.92 
 
 		 466 aa  194  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  39.46 
 
 		 778 aa  194  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 		 885 aa  194  6e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.35 
 
 		 779 aa  193  7e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 		 893 aa  192  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 		 900 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 		 893 aa  192  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 		 410 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 506 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  39.72 
 
 		 632 aa  190  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  36.95 
 
 		 454 aa  190  8e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  38.01 
 
 		 473 aa  189  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  36.71 
 
 		 471 aa  188  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  33.84 
 
 		 450 aa  189  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 		 560 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 427 aa  188  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 		 449 aa  188  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  36.71 
 
 		 471 aa  188  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 		 900 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 		 550 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 		 901 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 		 781 aa  177  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.49 
 
 		 833 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 		 898 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 		 773 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 545 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 		 638 aa  173  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.48 
 
 		 543 aa  169  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 		 729 aa  167  5e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 		 625 aa  167  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  34.06 
 
 		 436 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  36.98 
 
 		 454 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 		 504 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 		 546 aa  164  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 546 aa  164  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 		 530 aa  161  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  35.49 
 
 		 580 aa  160  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 699 aa  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 		 543 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.42 
 
 		 699 aa  157  6e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  34.09 
 
 		 543 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 		 575 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 543 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 		 506 aa  156  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 		 543 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  33.74 
 
 		 543 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 		 543 aa  156  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 		 543 aa  156  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  33.74 
 
 		 547 aa  154  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.82 
 
 		 534 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.69 
 
 		 644 aa  151  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  31.91 
 
 		 543 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 		 680 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.78 
 
 		 1212 aa  148  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  32.32 
 
 		 483 aa  147  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  36.58 
 
 		 612 aa  147  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 548 aa  146  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>