More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4414 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 506 aa  1041    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 		 453 aa  163  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 		 453 aa  163  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 453 aa  162  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  33.45 
 
 		 657 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 662 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  33.1 
 
 		 544 aa  162  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  37.01 
 
 		 778 aa  162  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  33.92 
 
 		 757 aa  160  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  33.92 
 
 		 757 aa  159  9e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 		 962 aa  159  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 		 914 aa  159  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 781 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 		 632 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 		 632 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 		 805 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 		 936 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  30.16 
 
 		 663 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 499 aa  158  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 		 506 aa  156  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  32.18 
 
 		 632 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  32.54 
 
 		 453 aa  156  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  34.09 
 
 		 473 aa  156  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 		 632 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  31.72 
 
 		 560 aa  153  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 		 762 aa  152  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 453 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 		 453 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 453 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 453 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 		 693 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  31.14 
 
 		 632 aa  150  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 		 1226 aa  150  6e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 898 aa  150  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  33.22 
 
 		 471 aa  150  7e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  31.88 
 
 		 508 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 		 893 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 773 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  33.22 
 
 		 471 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 		 901 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.79 
 
 		 692 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  30.36 
 
 		 529 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.96 
 
 		 454 aa  147  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  28.67 
 
 		 950 aa  147  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 		 550 aa  147  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  32.07 
 
 		 648 aa  146  7.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  33.96 
 
 		 667 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 		 625 aa  146  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 900 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.34 
 
 		 900 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 		 779 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  31.01 
 
 		 483 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 545 aa  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 		 579 aa  143  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  31.56 
 
 		 708 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 		 466 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  33.7 
 
 		 436 aa  141  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 		 427 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 		 690 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 1237 aa  140  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 		 670 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 		 449 aa  139  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 885 aa  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  31.54 
 
 		 1250 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 		 729 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 		 833 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 		 560 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 		 789 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  33.78 
 
 		 680 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  30.27 
 
 		 450 aa  137  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 1242 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.72 
 
 		 638 aa  137  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 		 893 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  30.1 
 
 		 543 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  30.75 
 
 		 454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 		 683 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 		 699 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.93 
 
 		 410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 		 546 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  28.28 
 
 		 543 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.12 
 
 		 543 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.31 
 
 		 644 aa  130  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.76 
 
 		 543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.76 
 
 		 543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 		 399 aa  127  6e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 		 546 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  33.84 
 
 		 612 aa  124  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.3 
 
 		 530 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 		 543 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  33.55 
 
 		 580 aa  120  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.37 
 
 		 543 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 		 548 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  26.38 
 
 		 543 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  28.57 
 
 		 444 aa  116  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 504 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.38 
 
 		 543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 575 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  26.61 
 
 		 547 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.32 
 
 		 534 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3335  histidine kinase  27.78 
 
 		 464 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>