More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0505 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.07 
 
 		 543 aa  678    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  63.31 
 
 		 543 aa  676    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.88 
 
 		 543 aa  674    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  62.5 
 
 		 543 aa  669    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  60.38 
 
 		 534 aa  642    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.31 
 
 		 543 aa  669    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.77 
 
 		 548 aa  655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  63.5 
 
 		 543 aa  672    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  62.36 
 
 		 543 aa  674    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  62.36 
 
 		 543 aa  674    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 530 aa  1078    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  58.37 
 
 		 547 aa  625  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.27 
 
 		 545 aa  624  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.69 
 
 		 546 aa  619  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.5 
 
 		 546 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.12 
 
 		 579 aa  196  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 		 936 aa  181  4e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 1242 aa  176  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  36.23 
 
 		 648 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 		 1237 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  34.84 
 
 		 632 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 		 914 aa  172  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 		 453 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 		 453 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 		 670 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 		 453 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 		 453 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 		 1226 aa  170  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  35.27 
 
 		 950 aa  169  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  38.04 
 
 		 453 aa  167  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 667 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  34.05 
 
 		 663 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 690 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 		 449 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 962 aa  163  6e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  33.1 
 
 		 1250 aa  163  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 453 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 662 aa  161  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  31.66 
 
 		 657 aa  160  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 		 632 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 453 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 453 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 		 499 aa  160  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.35 
 
 		 729 aa  160  6e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 		 632 aa  160  7e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 		 506 aa  160  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 427 aa  159  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  32.14 
 
 		 508 aa  159  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 632 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.97 
 
 		 454 aa  158  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 885 aa  158  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 		 893 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2945  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.46 
 
 		 514 aa  158  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  33.1 
 
 		 632 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 		 901 aa  157  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 		 693 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 		 466 aa  156  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  34.46 
 
 		 454 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  31.87 
 
 		 450 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  32.5 
 
 		 708 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.99 
 
 		 410 aa  154  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 		 692 aa  154  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 		 900 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  34.01 
 
 		 436 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 		 833 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.99 
 
 		 789 aa  152  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 		 898 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 900 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 		 550 aa  150  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 683 aa  150  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 893 aa  150  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  29.33 
 
 		 529 aa  150  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  32.79 
 
 		 778 aa  148  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  31.23 
 
 		 473 aa  148  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 		 699 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  31.62 
 
 		 471 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  30.82 
 
 		 757 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  30.47 
 
 		 757 aa  146  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  31.23 
 
 		 471 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  30.56 
 
 		 560 aa  145  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 		 805 aa  145  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 		 762 aa  144  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 781 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 		 779 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  34.11 
 
 		 422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  32.87 
 
 		 544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 		 773 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 		 504 aa  141  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.24 
 
 		 498 aa  141  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  31.63 
 
 		 680 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 638 aa  139  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 		 560 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  29.15 
 
 		 483 aa  130  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 		 625 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.35 
 
 		 543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  34.98 
 
 		 612 aa  128  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 		 506 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  25.34 
 
 		 580 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.26 
 
 		 819 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 729 aa  124  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00567966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>