More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3235 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
498 aa  1016    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2945  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 
514 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
545 aa  169  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  38.58 
 
 
630 aa  168  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.4 
 
 
398 aa  167  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 
680 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.5 
 
 
838 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.52 
 
 
871 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 
842 aa  161  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 
519 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 
858 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
513 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.5 
 
 
838 aa  161  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 
457 aa  160  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.91 
 
 
870 aa  159  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
838 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
838 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
838 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  36.05 
 
 
857 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
838 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
838 aa  158  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
841 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
838 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.84 
 
 
501 aa  156  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
841 aa  156  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 
546 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
553 aa  155  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
902 aa  156  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 
848 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  26.62 
 
 
543 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
879 aa  154  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
879 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
885 aa  154  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
885 aa  154  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
835 aa  154  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
835 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
835 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
846 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
548 aa  153  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 
543 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 
662 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
857 aa  151  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
848 aa  152  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.82 
 
 
748 aa  151  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.24 
 
 
530 aa  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
845 aa  150  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
848 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  37.2 
 
 
1682 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
500 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  37.2 
 
 
1682 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
543 aa  150  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  36.4 
 
 
1685 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
524 aa  149  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
508 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
630 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 
526 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
608 aa  148  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
527 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
534 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 
543 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 
543 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 
546 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
511 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  27.8 
 
 
543 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.83 
 
 
494 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 
510 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
856 aa  147  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  38.49 
 
 
1845 aa  147  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
543 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
503 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
510 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  37.07 
 
 
1744 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 
726 aa  145  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388599  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 
721 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
727 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.72 
 
 
975 aa  144  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  25.67 
 
 
543 aa  143  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
978 aa  143  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
513 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 
512 aa  143  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  35.47 
 
 
1833 aa  143  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
501 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
515 aa  142  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2094  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
503 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  25.24 
 
 
547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
379 aa  140  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
963 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 
708 aa  140  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 
683 aa  139  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.99 
 
 
1211 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  33.47 
 
 
406 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
640 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1551  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
529 aa  138  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573003  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.34 
 
 
632 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
873 aa  138  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
713 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.34 
 
 
632 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.34 
 
 
632 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.44 
 
 
845 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>