More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2097 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
398 aa  830    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.93 
 
 
527 aa  325  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.44 
 
 
524 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.84 
 
 
526 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.64 
 
 
501 aa  310  4e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
519 aa  308  8e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 
500 aa  308  8e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.84 
 
 
513 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.27 
 
 
630 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.21 
 
 
494 aa  302  8.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.03 
 
 
501 aa  301  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 
534 aa  300  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.16 
 
 
508 aa  299  6e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.01 
 
 
510 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.12 
 
 
510 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.44 
 
 
457 aa  294  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.93 
 
 
379 aa  293  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
515 aa  293  3e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  41.37 
 
 
511 aa  293  4e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.6 
 
 
513 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.94 
 
 
631 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.01 
 
 
503 aa  282  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
509 aa  276  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.77 
 
 
634 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.06 
 
 
514 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  40.05 
 
 
512 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.89 
 
 
512 aa  273  3e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 
515 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 
608 aa  254  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.21 
 
 
851 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 
680 aa  224  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.41 
 
 
707 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
553 aa  218  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3366  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
716 aa  212  9e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4016  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
716 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.76 
 
 
689 aa  207  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  34.73 
 
 
823 aa  206  5e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.16 
 
 
632 aa  204  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
698 aa  200  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 
902 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 
673 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.99 
 
 
393 aa  196  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.81 
 
 
695 aa  196  7e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 
662 aa  195  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4830  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
848 aa  194  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.356174  normal  0.508218 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 
710 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.83 
 
 
697 aa  194  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.43 
 
 
461 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.29 
 
 
471 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
683 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 
692 aa  189  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.31 
 
 
709 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.38 
 
 
472 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.45 
 
 
473 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  30.83 
 
 
1255 aa  183  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.98 
 
 
652 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.94 
 
 
708 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
799 aa  180  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1620  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  31.83 
 
 
927 aa  178  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 
661 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 
661 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  34.77 
 
 
1845 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
845 aa  176  6e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 
748 aa  176  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  30.67 
 
 
1837 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
975 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
499 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2495  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.71 
 
 
363 aa  173  5.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.42 
 
 
963 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  31.15 
 
 
1833 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  38.2 
 
 
857 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  30.98 
 
 
811 aa  170  4e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.17 
 
 
841 aa  169  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
495 aa  167  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.7 
 
 
733 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  38.87 
 
 
406 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.4 
 
 
498 aa  166  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 
870 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.7 
 
 
842 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 
1291 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.17 
 
 
838 aa  166  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3682  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
685 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00804168  normal  0.462115 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.79 
 
 
841 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.79 
 
 
838 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.79 
 
 
838 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
803 aa  164  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
838 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
871 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.33 
 
 
858 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
838 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  37.4 
 
 
846 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
838 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 
471 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.26 
 
 
668 aa  163  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  37.4 
 
 
879 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  37.4 
 
 
879 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  37.4 
 
 
835 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  37.4 
 
 
835 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  37.4 
 
 
835 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1131  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
373 aa  163  6e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>