More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1718 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  100 
 
 
811 aa  1662    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 
799 aa  199  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.82 
 
 
871 aa  198  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
733 aa  198  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
902 aa  193  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5710  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 
515 aa  193  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.107455 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
680 aa  189  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
515 aa  189  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 
871 aa  189  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 
501 aa  189  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.42 
 
 
1080 aa  187  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
500 aa  187  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
524 aa  187  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 
527 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
513 aa  185  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.49 
 
 
870 aa  184  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 
857 aa  183  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.54 
 
 
494 aa  182  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
842 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  28.09 
 
 
857 aa  181  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
858 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 
503 aa  181  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.45 
 
 
759 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.98 
 
 
862 aa  179  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 
857 aa  179  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
501 aa  177  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
526 aa  177  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.23 
 
 
636 aa  177  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.57 
 
 
657 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
902 aa  176  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 
845 aa  176  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.22 
 
 
848 aa  174  5.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.22 
 
 
848 aa  173  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 
810 aa  173  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.15 
 
 
848 aa  172  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
508 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
1211 aa  171  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
457 aa  171  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  24.93 
 
 
1092 aa  171  6e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
510 aa  171  7e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.76 
 
 
845 aa  170  8e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 
398 aa  170  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
553 aa  170  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 
510 aa  170  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.96 
 
 
1101 aa  170  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.69 
 
 
856 aa  170  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
838 aa  168  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
513 aa  168  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
748 aa  168  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
838 aa  167  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 
511 aa  167  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 
662 aa  167  6.9999999999999995e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
632 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
713 aa  167  6.9999999999999995e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
632 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
632 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.47 
 
 
873 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 
841 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.58 
 
 
841 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 
379 aa  166  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 
729 aa  165  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
838 aa  165  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
862 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  37.41 
 
 
846 aa  165  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 
975 aa  165  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.65 
 
 
838 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
838 aa  165  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  36.82 
 
 
879 aa  164  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  36.82 
 
 
879 aa  164  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
838 aa  164  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  36.82 
 
 
835 aa  164  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
838 aa  164  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  36.82 
 
 
885 aa  164  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  36.82 
 
 
885 aa  164  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  36.82 
 
 
835 aa  164  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  36.82 
 
 
835 aa  164  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.79 
 
 
534 aa  164  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 
838 aa  163  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
739 aa  162  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2094  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
503 aa  162  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.01 
 
 
661 aa  162  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.3 
 
 
963 aa  162  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.01 
 
 
661 aa  162  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
471 aa  161  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 
630 aa  161  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  35.63 
 
 
1845 aa  159  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
519 aa  159  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.73 
 
 
796 aa  158  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.02 
 
 
851 aa  159  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
707 aa  156  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  35.32 
 
 
1744 aa  156  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2370  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
468 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.73412  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.3 
 
 
461 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
1000 aa  154  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
666 aa  154  8e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2222  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.78 
 
 
468 aa  154  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2537  two-component hybrid sensor and regulator  37.84 
 
 
225 aa  154  8.999999999999999e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 
710 aa  153  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
692 aa  152  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.72 
 
 
846 aa  152  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145258  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>