More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6274 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
534 aa  1078    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  69.15 
 
 
457 aa  553  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  60.99 
 
 
526 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  61.75 
 
 
527 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.11 
 
 
524 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.41 
 
 
513 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  54.91 
 
 
501 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.62 
 
 
519 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.14 
 
 
500 aa  421  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  56.61 
 
 
630 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.92 
 
 
515 aa  414  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.18 
 
 
510 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.64 
 
 
508 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.66 
 
 
503 aa  401  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.18 
 
 
513 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  55.19 
 
 
510 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  54.57 
 
 
511 aa  398  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.25 
 
 
501 aa  396  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.73 
 
 
494 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  55.91 
 
 
512 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  56.18 
 
 
515 aa  391  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  56.99 
 
 
512 aa  385  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  54.1 
 
 
634 aa  388  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.75 
 
 
509 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.37 
 
 
514 aa  372  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.58 
 
 
379 aa  364  3e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.53 
 
 
631 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.45 
 
 
608 aa  316  6e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 
398 aa  300  4e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.49 
 
 
851 aa  258  2e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.82 
 
 
692 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.62 
 
 
461 aa  246  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.83 
 
 
471 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.85 
 
 
473 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.46 
 
 
472 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.23 
 
 
673 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
632 aa  205  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  33.9 
 
 
823 aa  205  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.51 
 
 
652 aa  193  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
680 aa  190  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.08 
 
 
697 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
553 aa  186  7e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.64 
 
 
902 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
713 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2495  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.32 
 
 
363 aa  184  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 
799 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.69 
 
 
662 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
713 aa  181  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
748 aa  180  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2452  multisensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
556 aa  179  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.413199  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 
499 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.89 
 
 
710 aa  175  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  30.45 
 
 
1255 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 
708 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 
1291 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
838 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
838 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
838 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
838 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.32 
 
 
661 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
838 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.32 
 
 
661 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
838 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
838 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.15 
 
 
393 aa  172  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.11 
 
 
966 aa  172  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  40.25 
 
 
355 aa  170  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  38.98 
 
 
885 aa  170  7e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  38.98 
 
 
879 aa  170  7e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  38.98 
 
 
879 aa  170  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  38.98 
 
 
846 aa  170  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  38.98 
 
 
885 aa  170  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  31.68 
 
 
1833 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.53 
 
 
666 aa  169  8e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  38.98 
 
 
835 aa  169  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
695 aa  169  9e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  38.98 
 
 
835 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  38.98 
 
 
835 aa  169  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
845 aa  168  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
640 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
841 aa  166  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.42 
 
 
709 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  40.08 
 
 
355 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  30.79 
 
 
811 aa  164  5.0000000000000005e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 
707 aa  164  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
683 aa  163  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3366  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
716 aa  163  7e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  32.1 
 
 
1837 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 
698 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
862 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 
661 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  41.13 
 
 
630 aa  161  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.51 
 
 
874 aa  161  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.69 
 
 
471 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
838 aa  160  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 
858 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.46 
 
 
848 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
689 aa  159  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.02 
 
 
841 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4016  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
716 aa  159  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>