More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3895 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.31 
 
 
689 aa  757    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.42 
 
 
707 aa  770    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  75.87 
 
 
709 aa  999    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
698 aa  1411    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3366  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.03 
 
 
716 aa  770    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4830  multi-sensor signal transduction histidine kinase  60.15 
 
 
848 aa  762    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.356174  normal  0.508218 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.06 
 
 
683 aa  727    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4016  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  58.74 
 
 
716 aa  765    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.76 
 
 
710 aa  602  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.62 
 
 
708 aa  549  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 
680 aa  370  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.38 
 
 
662 aa  350  3e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3682  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.27 
 
 
685 aa  335  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00804168  normal  0.462115 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
661 aa  273  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
661 aa  272  1e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
676 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10947  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
727 aa  260  6e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
661 aa  250  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 
726 aa  238  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388599  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3746  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 
659 aa  214  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.445136 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 
902 aa  210  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
398 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
500 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
871 aa  189  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  32.1 
 
 
857 aa  188  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
799 aa  188  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 
524 aa  187  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 
858 aa  187  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
842 aa  187  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 
870 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  30.35 
 
 
885 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  30.35 
 
 
885 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  30.35 
 
 
879 aa  183  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  30.35 
 
 
879 aa  183  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  30.35 
 
 
835 aa  183  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  31.24 
 
 
846 aa  183  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  30.35 
 
 
835 aa  183  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  30.35 
 
 
835 aa  183  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
513 aa  183  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
838 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
838 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
838 aa  180  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
838 aa  180  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
838 aa  180  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
838 aa  180  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
838 aa  180  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 
501 aa  179  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 
512 aa  179  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
630 aa  177  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
841 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
519 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
527 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
838 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.04 
 
 
841 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
862 aa  171  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
848 aa  170  7e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
510 aa  170  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
810 aa  170  9e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 
511 aa  169  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.73 
 
 
526 aa  169  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
857 aa  168  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  33.92 
 
 
512 aa  167  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
634 aa  167  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
515 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
515 aa  167  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
513 aa  167  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
501 aa  167  9e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
510 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
856 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
608 aa  166  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 
862 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
494 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
508 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 
553 aa  164  7e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 
534 aa  163  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  28.89 
 
 
1833 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
503 aa  163  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
848 aa  162  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
873 aa  161  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
848 aa  161  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
857 aa  160  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 
457 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
473 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
851 aa  158  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
461 aa  157  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  30.67 
 
 
1837 aa  157  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
902 aa  157  9e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 
975 aa  156  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 
763 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
514 aa  154  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
379 aa  154  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  30.22 
 
 
1845 aa  154  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.53 
 
 
471 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 
631 aa  154  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
509 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09680  putative two-component sensor  29.21 
 
 
758 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280017  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
845 aa  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2094  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
503 aa  150  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 
773 aa  150  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
472 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>