More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1485 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
676 aa  1352    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10947  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3746  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.02 
 
 
659 aa  623  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.445136 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
680 aa  333  7.000000000000001e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 
662 aa  305  3.0000000000000004e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 
698 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
661 aa  260  6e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
661 aa  260  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
707 aa  251  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 
661 aa  250  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3366  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
716 aa  248  3e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4016  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
716 aa  245  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.14 
 
 
710 aa  237  6e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.21 
 
 
709 aa  237  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 
683 aa  236  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4830  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
848 aa  234  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.356174  normal  0.508218 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.56 
 
 
708 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3682  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 
685 aa  232  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00804168  normal  0.462115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
689 aa  230  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.77 
 
 
727 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.08 
 
 
726 aa  209  9e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388599  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
856 aa  169  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 
841 aa  167  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
838 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.23 
 
 
838 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
838 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
838 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
838 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
838 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.63 
 
 
848 aa  163  9e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 
841 aa  163  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
838 aa  163  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 
902 aa  163  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
838 aa  162  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  36.06 
 
 
846 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
873 aa  162  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 
848 aa  162  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  36.06 
 
 
835 aa  161  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  36.06 
 
 
879 aa  162  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  36.06 
 
 
879 aa  162  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  36.06 
 
 
885 aa  162  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  36.06 
 
 
835 aa  161  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  36.06 
 
 
885 aa  162  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  36.06 
 
 
835 aa  161  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 
857 aa  160  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.85 
 
 
848 aa  157  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  36.13 
 
 
857 aa  157  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 
799 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
810 aa  155  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.98 
 
 
858 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
871 aa  150  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
842 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.47 
 
 
870 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
862 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 
636 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.31 
 
 
857 aa  146  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 
845 aa  145  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
862 aa  145  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  33.24 
 
 
1822 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  28.82 
 
 
1833 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  27.25 
 
 
553 aa  140  8.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 
846 aa  140  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145258  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 
632 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 
632 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 
632 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
978 aa  133  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  30.23 
 
 
1845 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
513 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
515 aa  129  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 
500 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
773 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  28.54 
 
 
1061 aa  128  3e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 
963 aa  128  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
519 aa  128  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
416 aa  127  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.465456  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 
512 aa  127  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.17 
 
 
975 aa  127  8.000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 
733 aa  127  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
729 aa  127  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 
524 aa  127  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
759 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 
658 aa  126  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
527 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
630 aa  125  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 
398 aa  125  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 
526 aa  124  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  28.61 
 
 
1837 aa  124  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
640 aa  124  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
494 aa  124  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  30.43 
 
 
512 aa  122  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
731 aa  121  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 
503 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
511 aa  120  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 
498 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.45 
 
 
608 aa  120  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  25.93 
 
 
811 aa  120  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  34.96 
 
 
630 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 
631 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  32.46 
 
 
635 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>