More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0922 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.18 
 
 
726 aa  713    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388599  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
727 aa  1474    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.63 
 
 
680 aa  325  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.1 
 
 
662 aa  293  5e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4830  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
848 aa  271  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.356174  normal  0.508218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.8 
 
 
689 aa  270  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.8 
 
 
661 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.8 
 
 
661 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.14 
 
 
707 aa  270  8.999999999999999e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3366  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
716 aa  269  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 
710 aa  268  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4016  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
716 aa  268  4e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.35 
 
 
708 aa  264  4e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
698 aa  259  8e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3682  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.27 
 
 
685 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00804168  normal  0.462115 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 
683 aa  253  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.53 
 
 
661 aa  252  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.67 
 
 
709 aa  249  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 
676 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10947  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
553 aa  203  8e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3746  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
659 aa  197  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.445136 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  34.48 
 
 
1833 aa  196  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1259  ATPase domain-containing protein  37.65 
 
 
626 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.27586 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1420  histidine kinase  37.65 
 
 
621 aa  189  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.990056  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.15 
 
 
870 aa  186  9e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 
871 aa  186  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.24 
 
 
902 aa  184  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  34.18 
 
 
1845 aa  183  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  41.09 
 
 
857 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 
845 aa  183  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.15 
 
 
858 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.15 
 
 
842 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  40.15 
 
 
885 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  40.15 
 
 
879 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  40.15 
 
 
879 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  40.15 
 
 
885 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  40.15 
 
 
835 aa  181  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  40.15 
 
 
835 aa  181  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  40.15 
 
 
835 aa  181  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  39.77 
 
 
846 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 
838 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
748 aa  180  7e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 
838 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.02 
 
 
862 aa  178  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
799 aa  177  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.88 
 
 
848 aa  177  5e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2883  histidine kinase  36.12 
 
 
669 aa  177  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296171  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
848 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0641  C4-dicarboxylate transport sensor protein  35.43 
 
 
677 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.22 
 
 
838 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39 
 
 
838 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  32.82 
 
 
1837 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39 
 
 
838 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0477  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  35.43 
 
 
677 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.277779  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0457  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  35.43 
 
 
677 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7577  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 
636 aa  176  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2258  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 
669 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.22 
 
 
838 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 
669 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13678  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 
838 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6214  histidine kinase  36.21 
 
 
669 aa  174  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2927  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 
672 aa  174  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.600674  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.26 
 
 
857 aa  174  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1209  histidine kinase  37.35 
 
 
621 aa  174  6.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
845 aa  174  6.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3170  histidine kinase  35.95 
 
 
597 aa  174  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.304086 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0400  C4-dicarboxylate transport sensor protein  35.1 
 
 
677 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0431  histidine kinase  35.45 
 
 
668 aa  173  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.04 
 
 
975 aa  172  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 
683 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
773 aa  172  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
841 aa  171  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  32.11 
 
 
1822 aa  170  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
841 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.28 
 
 
851 aa  169  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2789  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 
677 aa  169  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.98 
 
 
513 aa  169  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3461  histidine kinase  33.98 
 
 
600 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.350821  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 
640 aa  168  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02398  sensor histidine kinase  28.1 
 
 
881 aa  167  5.9999999999999996e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 
838 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
856 aa  167  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 
880 aa  167  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607488  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
495 aa  166  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
857 aa  165  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
902 aa  164  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1248  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.23 
 
 
628 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
848 aa  164  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
519 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0276  sensor histidine kinase  34.14 
 
 
659 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.66 
 
 
512 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
873 aa  164  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0519  histidine kinase  32.01 
 
 
666 aa  164  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541835  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
484 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 
658 aa  163  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 
1211 aa  163  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4196  histidine kinase  31.73 
 
 
666 aa  162  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531315 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
810 aa  162  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4293  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 
604 aa  162  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.536405 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0193  histidine kinase  35.34 
 
 
670 aa  161  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0541233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>