More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3943 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.27 
 
 
727 aa  723    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
726 aa  1469    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388599  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.95 
 
 
680 aa  352  1e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 
662 aa  339  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.77 
 
 
707 aa  291  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.95 
 
 
661 aa  290  9e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.95 
 
 
661 aa  290  9e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3366  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.73 
 
 
716 aa  287  5e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4016  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.73 
 
 
716 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.22 
 
 
708 aa  282  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3682  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.23 
 
 
685 aa  278  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00804168  normal  0.462115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.09 
 
 
661 aa  276  9e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4830  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.07 
 
 
848 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.356174  normal  0.508218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.83 
 
 
689 aa  275  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.01 
 
 
710 aa  274  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.6 
 
 
683 aa  267  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.94 
 
 
709 aa  262  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.48 
 
 
698 aa  258  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.95 
 
 
676 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10947  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0914  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
771 aa  216  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1259  ATPase domain-containing protein  38.46 
 
 
626 aa  204  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.27586 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3746  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 
659 aa  203  9e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.445136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1420  histidine kinase  38.46 
 
 
621 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.990056  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  41.64 
 
 
846 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  41.64 
 
 
835 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  41.64 
 
 
885 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  41.64 
 
 
879 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  41.64 
 
 
879 aa  201  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  41.64 
 
 
835 aa  201  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  41.64 
 
 
835 aa  201  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  41.64 
 
 
885 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.11 
 
 
841 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.85 
 
 
841 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.64 
 
 
838 aa  196  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.15 
 
 
838 aa  192  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 
838 aa  192  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 
838 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 
838 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 
838 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 
838 aa  191  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 
838 aa  190  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
553 aa  190  9e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0431  histidine kinase  39.41 
 
 
668 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.04 
 
 
871 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.57 
 
 
858 aa  185  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6214  histidine kinase  38.44 
 
 
669 aa  185  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.57 
 
 
842 aa  185  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2927  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.76 
 
 
672 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.600674  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  37.13 
 
 
630 aa  184  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0400  C4-dicarboxylate transport sensor protein  38.71 
 
 
677 aa  184  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2883  histidine kinase  38.31 
 
 
669 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296171  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1209  histidine kinase  38.15 
 
 
621 aa  182  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2258  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
669 aa  183  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
669 aa  183  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13678  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  40.82 
 
 
857 aa  182  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0641  C4-dicarboxylate transport sensor protein  38.31 
 
 
677 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4196  histidine kinase  37.04 
 
 
666 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531315 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0457  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  38.31 
 
 
677 aa  180  7e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7577  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0477  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  38.31 
 
 
677 aa  180  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.277779  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  31.35 
 
 
1833 aa  180  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
636 aa  180  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0519  histidine kinase  35.55 
 
 
666 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541835  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  35.33 
 
 
1822 aa  178  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0478  histidine kinase  34.38 
 
 
616 aa  178  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.936007 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1248  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 
628 aa  178  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
799 aa  177  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 
683 aa  177  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 
975 aa  177  9e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
526 aa  176  9e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2789  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
677 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.67 
 
 
870 aa  176  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
902 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.68 
 
 
880 aa  175  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607488  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
513 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
524 aa  174  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
748 aa  174  5e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0028  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.48 
 
 
884 aa  173  7.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.465168  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0010  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.48 
 
 
884 aa  173  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 
512 aa  172  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.64 
 
 
856 aa  172  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02398  sensor histidine kinase  25.86 
 
 
881 aa  171  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
845 aa  171  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  33.86 
 
 
1845 aa  171  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 
851 aa  170  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  33.68 
 
 
1837 aa  170  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2922  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.37 
 
 
883 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.301068 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 
773 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
519 aa  167  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.99 
 
 
902 aa  166  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 
398 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.13 
 
 
857 aa  165  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 
527 aa  165  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 
1211 aa  165  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 
857 aa  164  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  33.64 
 
 
623 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0276  sensor histidine kinase  35.03 
 
 
659 aa  164  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.66 
 
 
672 aa  163  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.622547  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
810 aa  163  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72740  putative two-component sensor  34.35 
 
 
588 aa  163  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.658354  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
873 aa  162  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>