More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3152 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  81.52 
 
 
472 aa  743    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
473 aa  948    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  84.86 
 
 
471 aa  779    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  56.04 
 
 
461 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.54 
 
 
503 aa  264  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.88 
 
 
508 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.73 
 
 
510 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.57 
 
 
501 aa  262  8e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  55.14 
 
 
513 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  55.69 
 
 
510 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.76 
 
 
494 aa  258  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.72 
 
 
501 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.47 
 
 
513 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.78 
 
 
630 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.75 
 
 
519 aa  253  6e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  51.59 
 
 
511 aa  253  8.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.66 
 
 
515 aa  251  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  54.66 
 
 
512 aa  250  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.63 
 
 
527 aa  249  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.39 
 
 
526 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
524 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
500 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
514 aa  234  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.46 
 
 
515 aa  233  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.6 
 
 
512 aa  232  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.62 
 
 
509 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.85 
 
 
534 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.76 
 
 
634 aa  223  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.32 
 
 
379 aa  219  7.999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.68 
 
 
608 aa  219  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.69 
 
 
631 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.84 
 
 
457 aa  218  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.39 
 
 
692 aa  193  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2452  multisensor signal transduction histidine kinase  38.62 
 
 
556 aa  184  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.413199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.45 
 
 
398 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.3 
 
 
902 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.34 
 
 
799 aa  182  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  39.76 
 
 
885 aa  176  7e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  39.76 
 
 
835 aa  176  7e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  39.76 
 
 
835 aa  176  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  39.76 
 
 
885 aa  176  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  39.76 
 
 
835 aa  176  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  39.76 
 
 
879 aa  176  8e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  39.76 
 
 
879 aa  176  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  39.76 
 
 
846 aa  176  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.69 
 
 
841 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
838 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.77 
 
 
841 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 
838 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
838 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.41 
 
 
710 aa  172  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
838 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
838 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
838 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
838 aa  171  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 
838 aa  170  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 
680 aa  169  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.98 
 
 
707 aa  167  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  36.86 
 
 
553 aa  164  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  39.29 
 
 
857 aa  163  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
963 aa  163  8.000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.41 
 
 
862 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
857 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
810 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
851 aa  159  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
662 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 
698 aa  158  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
683 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 
858 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 
846 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145258  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 
845 aa  157  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 
708 aa  157  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 
842 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.3 
 
 
862 aa  156  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.32 
 
 
870 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
873 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.36 
 
 
709 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
857 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 
871 aa  154  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.86 
 
 
748 aa  153  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.21 
 
 
848 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.21 
 
 
848 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
689 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
495 aa  151  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.15 
 
 
975 aa  151  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  38.2 
 
 
811 aa  150  4e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  38.58 
 
 
1845 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  37.73 
 
 
358 aa  150  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
856 aa  150  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  36.26 
 
 
1836 aa  150  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
632 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
632 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
632 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.34 
 
 
848 aa  149  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3366  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
716 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4830  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
848 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.356174  normal  0.508218 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
845 aa  147  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  34.04 
 
 
600 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09680  putative two-component sensor  37.45 
 
 
758 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280017  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.36 
 
 
661 aa  147  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>