More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0267 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  61.66 
 
 
634 aa  690    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
631 aa  1251    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  55.34 
 
 
514 aa  545  1e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.25 
 
 
509 aa  530  1e-149  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.08 
 
 
524 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.79 
 
 
630 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.48 
 
 
510 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.5 
 
 
608 aa  421  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.89 
 
 
513 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.27 
 
 
526 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.86 
 
 
527 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.99 
 
 
508 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.93 
 
 
510 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.06 
 
 
494 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.65 
 
 
519 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.66 
 
 
501 aa  399  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.26 
 
 
503 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  45.57 
 
 
511 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.2 
 
 
513 aa  388  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.4 
 
 
500 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.78 
 
 
515 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.69 
 
 
501 aa  372  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.83 
 
 
457 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.53 
 
 
534 aa  358  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.24 
 
 
512 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  50.8 
 
 
512 aa  355  1e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.53 
 
 
515 aa  355  2e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.3 
 
 
379 aa  311  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.94 
 
 
398 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  34.57 
 
 
812 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  32.97 
 
 
823 aa  243  1e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.93 
 
 
461 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.54 
 
 
692 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.04 
 
 
743 aa  233  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
851 aa  233  7.000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
632 aa  229  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.69 
 
 
473 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.75 
 
 
673 aa  219  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.55 
 
 
651 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 
653 aa  213  7.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 
520 aa  207  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.5 
 
 
471 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
521 aa  203  9e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.08 
 
 
662 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
902 aa  202  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.93 
 
 
472 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  30.18 
 
 
678 aa  201  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 
660 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 
652 aa  200  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2015  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.54 
 
 
538 aa  198  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
1291 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.24 
 
 
639 aa  195  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 
642 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.31 
 
 
810 aa  191  5e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.56 
 
 
642 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.98 
 
 
639 aa  188  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
632 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
632 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
632 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.55 
 
 
643 aa  183  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
666 aa  182  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.76 
 
 
799 aa  181  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
856 aa  180  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 
630 aa  179  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2452  multisensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
556 aa  179  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.413199  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.21 
 
 
966 aa  177  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
857 aa  177  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 
848 aa  177  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  29.14 
 
 
699 aa  177  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 
848 aa  176  9e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.67 
 
 
650 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 
857 aa  175  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
662 aa  174  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  28.32 
 
 
499 aa  173  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 
874 aa  172  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
680 aa  172  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.63 
 
 
781 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.96 
 
 
815 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 
657 aa  168  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.7 
 
 
661 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  28.14 
 
 
650 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  28.61 
 
 
1255 aa  167  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
842 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 
782 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 
495 aa  167  6.9999999999999995e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 
708 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.19 
 
 
668 aa  166  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  28.43 
 
 
857 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 
695 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.19 
 
 
1680 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.18 
 
 
697 aa  165  3e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.02 
 
 
870 aa  164  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 
858 aa  163  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 
845 aa  163  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  26.38 
 
 
1119 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 
661 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 
661 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1620  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  27.19 
 
 
927 aa  161  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.26 
 
 
640 aa  160  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2495  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.35 
 
 
363 aa  159  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>